细胞通讯之cellchat的流程

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 

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在细胞通讯的领域内有cellphoneDB、cellchat、iTALK等多种cell-cell communication的工具；

其中cellchat，我觉得它比较的亲民和好看吧^_^

cellchat <- createCellChat(Matrix(health@assays$RNA$data,sparse = T), #用于seurat.v5对象
                           meta = health@meta.data, group.by="Celltype")
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较固定的代码模块 开始！
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## 三、创建CellChat对象
summary(cellchat)
str(cellchat)
levels(cellchat@idents)
groupSize <- as.numeric(table(cellchat@idents))  #查看每个cluster有多少个细胞
groupSize
## 四、导入配体受体数据库
CellChatDB <- CellChatDB.mouse #小鼠是CellChatDB.mouse #人的是CellChatDB.human
str(CellChatDB) #查看数据库信息，包含interaction、complex、cofactor和geneInfo
colnames(CellChatDB$interaction)
showDatabaseCategory(CellChatDB)              #cellchat的L-R库还是很全面的
unique(CellChatDB$interacti