6.ArchR的可视化(3):TF的序列标识图

本文介绍了如何使用ArchR在scATAC-seq数据中生成和可视化转录因子的序列标识图。重点讨论了从ArchR对象中提取motif PWM,并利用ggseqlogo进行序列分析图的绘制。同时提到了CIS-BP数据库和JASPAR等资源,以及转换PWM为PPM矩阵的方法。文章还探讨了作者在选择motif编号时的考虑。
摘要由CSDN通过智能技术生成

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 


这个的亮点在于:从scATAC来源的数据中生成序列标识+位置权重矩阵(Position Weight Matrices, PWM)

那在技术上就变成了怎么从ArchR对象中画出来motif PWM?

从查到的资料中,评价哪个方法可行:

1)从方法角度可以说它是序列分析图(sequence logo);可视化一段序列某个位点的保守性;用R包ggseqlogo https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/ (Signac中MotifPlot函数中衔接的就是它),需要的数据:一堆DNA序列或者氨基酸序列;           感觉运用至scATAC不太行  X

  >>  番外篇:我们发现Signac::MotifPlot函数可以干这件事儿;需要传入Seurat object 对象开始

2)greenleaf文中的对这一部分的描述如下:We used the cell-by-peaks and the Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences (CIS-BP) motif (from chromVAR motif

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