愿武艺晴小朋友一定得每天都开心
这个的亮点在于:从scATAC来源的数据中生成序列标识+位置权重矩阵(Position Weight Matrices, PWM)
那在技术上就变成了怎么从ArchR对象中画出来motif PWM?
从查到的资料中,评价哪个方法可行:
1)从方法角度可以说它是序列分析图(sequence logo);可视化一段序列某个位点的保守性;用R包ggseqlogo https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/ (Signac中MotifPlot函数中衔接的就是它),需要的数据:一堆DNA序列或者氨基酸序列; 感觉运用至scATAC不太行 X
>> 番外篇:我们发现Signac::MotifPlot函数可以干这件事儿;需要传入Seurat object 对象开始
2)greenleaf文中的对这一部分的描述如下:We used the cell-by-peaks and the Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences (CIS-BP) motif (from chromVAR motif