基于scRNA-data,运用pySCENIC寻找细胞群里面活跃的调节子

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心 

---

pySCENIC 在步骤上，分为4大步：

1）准备工作：counts矩阵文件（R语言写出csv文件）

2）将csv文件转换为loom文件(用python做)

3）然后slurm平台申请资源运行pyscenic_total.slurm文件；得到sample_SCENIC.loom结果文件

4）将SCENIC结果文件（sample_SCENIC.loom）导入到R,根据想要生物学意义合理可视化

这篇博客我想写如何运用SCENIC的结果找细胞群特异的TF

本质是2个函数的运用：calcRSS（）函数和画图函数 plotRSS_oneSet（）函数

rss <- calcRSS(AUC=getAUC(sub_regulonAUC), 
               cellAnnotation=Celltype[rownames(fed@meta.data),"Celltype"],  #"Sample"
               ) #cellTypes=c("Pre-B","Pro-B")
rss=na.omit(rss) 
dim(rss)
rss[1:10,]

rank图的形式进行展示

plotRSS_oneSet <- function(rss, setName, n=5)
{
  library(ggplot2)
  library(ggrepel)
  
  rssThisType <- sort(rss[,setName], decreasing&