6.ArchR的可视化（1）：multiomic tracks

武艺晴小朋友你好

已于 2024-04-23 13:49:14 修改

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分类专栏： ArchR 表观遗传 scATAC-seq 文章标签：聚类 r语言学习

于 2024-04-21 20:03:40 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/jl19930703/article/details/137885956

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本文介绍如何使用ArchR进行多组学track的可视化，特别是CD14细胞类型的染色质开放情况。通过addReproduciblePeakSet()函数处理数据，结合GenomicRanges和slidingWindows包进行100bp间隔的滑动窗口计算。目标是模仿greenleaf团队的可视化风格，使用ggplot2的geom_tile进行绘图，探讨了如何定位并标记CD14基因的启动子和增强子区域。

摘要由CSDN通过智能技术生成

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心

当得到了比较符合、自己也满意的celltype结果后，就会基于celltype对象，开始进行一些可视化了。

在操作之前，先理解原理：

# ArchR 以iterative overlap的计算方式对Fragment 数据进行合并，追求保留住所有细胞类型特异的peaks

#所采用的函数是：addReproduciblePeakSet()函数得到可重复的peak；这里我比较喜欢，也推荐大家使用MACS2 鉴定peak;生成celltype_PeakMatrix

这里我们用可视化CD14在celltype层面上的染色质开放情况为例

1) 添加拟混池重复，得到celltype_PeakMatrix矩阵

> projHeme2 <- addGroupCoverages(ArchRProj=projHeme2, groupBy="celltype") #以celltype为对象构建拟混池重复
ArchR logging to : ArchRLogs/ArchR-addGroupCoverages-135404659eec4-Date-2024-04-17_Time-19-53-23.log
If there is an issue, please report to github with logFile!
2024-04-17 19:54:49 : Creating Coverage Files!, 1.43 mins elapsed.
2024-04-17 19:54:49 : Batch Execution w/ safelapply!, 1.431 mins elapsed.
2024-04-17 19:59:04 : Adding Kmer Bias to Coverage Files!, 5.684 mins elapsed.
2024-04-17 20:03:20 : Finished Creation of Coverage Files!, 9.949 mins elapsed.
ArchR logging successful to : ArchRLogs/ArchR-addGroupCoverages-135404659eec4-Date-2024-04-17_Time-19-53-23.log

> projHeme2 <- addReproduciblePeakSet( 
+   ArchRProj = projHeme2, 
+   groupBy="celltype",
+   maxPeaks = 200000,
+   pathToMacs2 = "/home/**/miniconda3/envs/Rlibrary/bin/macs2")
ArchR logging to : ArchRLogs/ArchR-addReproduciblePeakSet-135