使用circlize包绘制和弦图

小杜的生信筆記

已于 2023-03-16 05:34:18 修改

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分类专栏： R语言精美图形绘制教程文章标签：学习 r语言数据挖掘信息可视化微信公众平台

于 2023-03-16 05:28:03 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/kanghua_du/article/details/129578010

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在写这个教程是3月16号凌晨的5点钟，这个点还没睡的话，一是在外面玩，二是有事情。我是属于第二种情况，昨晚从下班6点后一直在办公室，点了个外卖，吃结束后差不多7点。然后，就一直在弄自己的事情，一直到凌晨4点半左右结束。在此期间，喝了两倍咖啡，果然还是有效果的。

本想结束后直接回去睡一会，但是一看时间到点了。回去也睡不着，那么一直到天亮吧。中午多睡一会即可。

今天分享的教程是的：使用Circlize包绘制和弦图

绘图

今天的教程是绘制组内基因相关性的和弦图，也是非常的简单，第一次看到使用相关性来绘制circlize图。

导入相关的包

library(circlize)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(reshape2)
library(like

制作数据

rA <- read.table(text = 
                   "ADHD ASD CMD MD SLD CD ODD
ADHD1 1 0.67 0 0.9 0.07 0.66 0.66 
ASD1 0.67 0 0 0 0 0.35 0 
CMD1 0 0 0 0.33 0.66 0 0
MD1 0.9 0 0.33 0 0 0 0                   
SLD1 0.07 0 0.66 0 0 0 0 
CD1 0.66 0.35 0 0 0 0 0 
ODD1 0.66 0 0 0 0 0 0 ", header=T)

head(rA)
rownames(rA) <- c("ADHD","ASD","COMD",
                  "MD","SLD",
                  "CD","ODD")
colnames(rA) <- c("ADHD","ASD","COMD",
                  "MD","SLD",
                  "CD","ODD")

rA <- as.matrix(rA)

chordDiagramFromMatrix()函数绘图

chordDiagramFromMatrix(rA, 
                       grid.col = c("#8ecae6","#219ebc","#023047","#ffb703",
                                    "#fb8500","#c1121f","#cbf3f0"),
                       annotationTrack = c("name", "grid"),
                       #link.visible = rA,
                       symmetric = T,
                       transparency = .3)