KM生存分析

这个系列从2022年开始，一直更新使用R语言分析数据及绘制精美图形。小杜的生信笔记主要分享小杜学习日常！如果，你对此感兴趣可以加入该系列的学习。

最终图形

本期图形代码

##'@KM生存分析
##'@20230807

##导入包
library(survival)
library(survminer)
##导入数据
setwd("E:\\小杜的生信筆記\\2023\\20230807-KM生存分析")

## 
svdata <- read.csv("Input_data.csv",header = T,check.names=F,row.names = 1)

> svdata[1:10,1:5]
         futime fustat   CBX   CLD  CADL
sample01   2450      1 10.64  7.31 10.18
sample02   7367      0  9.38  7.43  7.16
sample03   8437      0  9.36  8.56  8.53
sample04    807      1  9.42  7.80  7.70
sample05   3343      1 10.20  7.28  9.52
sample06    459      1 10.34 11.00  9.67
sample07    556      1  9.63 10.65  9.12
sample08   3898      0 15.00 10.70 14.38
sample09    377      1 12.79 10.28 12.23
sample10   3869      0 11.40 10.93  9.78

数据过滤

# 找best separation用的是survminer的函数，避免无法切分数据集的情况，添加了4和5
pct = 0.1
## 1. 提取表达谱
expr <- svdata[,3:ncol(svdata)]  ## 第三列以后的数据
head(expr)

# # 3. 取方差大于1的基因
expr <- expr[,apply(expr, 2, sd) > 0]
# 4. (关键) 取表达量为0的样本数目小于总样本数pct%的样本，这里pct默认为0.1，即10%
expr <- expr[,apply(expr, 2, function(x) sum(x == 0) < pct * nrow(expr))]
# 5. (关键) 基因名出错会导致出现只有一个组的情况
colnames(expr) <- make.names(colnames(expr))
# 6. 数据合并
svdata <- cbind.data.frame(svdata[,1:2],expr)

bestSeparation统计

res.cut <- surv_cutpoint(svdata, 
                         time = "futime", 
                         event = "fustat", 
                         variables = names(svdata)[3:ncol(svdata)], 
                         minprop = 0.3) #默认组内sample不能低于30%

高低组分类

res.cat <- surv_categorize(res.cut)
my.surv <- Surv(res.cat$futime, res.cat$fustat)

统计结果

# 建一个空的dataframe，用来存放统计量
ptable <- data.frame(matrix(NA,ncol(svdata)-2,5))
colnames(ptable) <- c("ID", "pvalue", "HR", "CIlow", "CIup")

批量绘图

for (i in colnames(res.cat)[3:ncol(svdata)]) {
  #i = "ATAD3A"
  group <- res.cat[,i] 
  survival_dat <- data.frame(group = group)
  fit <- survfit(my.surv ~ group)
  
  ##计算HR以及95%CI
  ##修改分组参照
  group <- factor(group, levels = c("low", "high"))
  data.survdiff <- survdiff(my.surv ~ group)
  p.val = 1 - pchisq(data.survdiff$chisq, length(data.survdiff$n) - 1)
  HR = (data.survdiff$obs[2]/data.survdiff$exp[2])/(data.survdiff$obs[1]/data.survdiff$exp[1])
  up95 = exp(log(HR) + qnorm(0.975)*sqrt(1/data.survdiff$exp[2]+1/data.survdiff$exp[1]))
  low95 = exp(log(HR) - qnorm(0.975)*sqrt(1/data.survdiff$exp[2]+1/data.survdiff$exp[1]))
  if (p.val > 0.05) next
  n = n + 1
  ptable$ID[n] <- i
  ptable$pvalue[n] <- p.val
  ptable$HR[n] <- HR
  ptable$CIlow[n] <- low95
  ptable$CIup[n] <- up95
  
  HR <- paste("Hazard Ratio = ", round(HR,2), sep = "")
  CI <- paste("95% CI: ", paste(round(low95,2), round(up95,2), sep = " - "), sep = "")
  
  #按照基因表达量从低到高排序，便于取出分界表达量
  svsort <- svdata[order(svdata[,i]),]
  
  # # 传统生存曲线
  pl[[i]]<-ggsurvplot(fit, data = survival_dat ,
                      #ggtheme = theme_bw(), #想要网格就运行这行
                      conf.int = F, #不画置信区间，想画置信区间就把F改成T
                      #conf.int.style = "step",#置信区间的类型，还可改为ribbon
                      censor = F, #不显示观察值所在的位置
                      palette = c("#1f78b4","#33a02c"), #线的颜色对应高、低  ## "#FF0033","#1B9E77"
                      
                      legend.title = i,#基因名写在图例题目的位置
                      font.legend = 11,#图例的字体大小
                      #太小的p value标为p < 0.001
                      pval = paste(pval = ifelse(p.val < 0.001, "p < 0.001",
                                                 paste("p = ",round(p.val,3), sep = "")),
                                   HR, CI, sep = "\n"))
  
  #每一个图保存为一个pdf文件
  ggsave(paste0(i,".pdf"),width = 4,height = 4)

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往期文章：

1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

• WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

• WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

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2. 精美图形绘制教程

• 精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

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