NCBI引物设计-查找目的基因前后序列方法、序列比对

最新推荐文章于 2024-05-07 15:56:18 发布
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一、查找目的基因前后序列方法
→blast
→nucleotide blast在这里插入图片描述
设置参数
在这里插入图片描述
二、序列对比、染色体序列查找
勾选Align two or more sequences
在这里插入图片描述
→blast
在这里插入图片描述
查看目标序列
→GenBank
→FASTA

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使用linux批量引物设计,使用NCBI-ePCR和Primer3进行引物批量化设计
weixin_32287177的博客
05-13 2878
NCBI已经不再维护并下架了ePCR软件，转而推荐使用其Primer-BLAST网页工具。这对于单个引物设计任务比较方便，但不利于基因组较大的非模式物种的特异性引物设计或批量化的引物设计。本教程讲解使用NCBI-ePCR和Primer3进行引物批量化设计。1.下载并安装NCBI-ePCR和Primer3软件$ wget http://ftp.debian.org/debian/pool/main/...
ncbi查找目的基因序列_基于PrimerBank和NCBI数据库的引物查找与设计
weixin_39963465的博客
01-02 6510
基于PrimerBank和NCBI数据库的引物查找与设计---生科三班xhs原创，请勿转载一、引物数据库查找：要设计一个mRNA的qPCR引物，首先应该先看看别人是否已经使用过，可以先在数据库PrimerBank中查找：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/1 首先我们要得到这个基因的Gene ID，我们在NCBI（https://www.ncbi.nlm....
基因引物序列的查找
weixin_69556916的博客
04-24 4273
勾选show results in a new window，这是结果在新页面展示的意思，最后点击Get Primers。点击进去，在Primer Parameters里将primerbank里检索到的引物序列粘贴上去。引物length一般在15-30bp，常用的为18-27bp，但不应大于38bp。Tm值范围为55-65°C，上下游引物Tm值不宜相差太大，最好不要超过5度。显示字母为不匹配，不匹配的多于5到6个说明引物不太合适。GC%一般为40%-60%，以45-55%为宜。第一步，先在NCBI官网。
ncbi查找目的基因序列_使用NCBI设计qPCR引物方法
weixin_39964528的博客
01-02 4889
对于分子生物学的研究者来讲，NCBI是科研过程中的一大神器，我们不仅可以在其中查找基因组、基因、蛋白，还可以在其中进行文献查找、序列比对等操作，连设计引物的功能NCBI也给我们构建好了，名字叫做Primer designing tool或者Primer-BLAST。并且，基于NCBI庞大的数据库信息，可以实现对引物扩增特异性的预测，甚至直接设计出特异性良好的qPCR引物(预测值)。这也是NCBI相...
ncbi查找目的基因序列_技能篇 | NCBI的5种常见使用方法（二）
weixin_42515340的博客
01-03 2万+
上期回顾：技能篇 | NCBI数据库使用教程(一)一、查找基因序列、mRNA序列进入NCBI 主页，在 search 后面选择 Gene，输入需要查找的基因的名字，点击search，查看结果。以基因P53为例，搜索结果如图：点击红框部分，进入并下拉，可以看到大量的信息，如下图：二、用Probe查找已经公布的引物序列进入NCBI主页，在下拉菜单选择Probe之后填写需要查找的基因名称。点击searc...
ncbi查找目的基因序列_献给初学者：如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter...
weixin_39531604的博客
12-21 3943
宽度:500 px高度:246 px维持原图长宽比:确认有不少人询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对......其实这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。我将结合我自己使用 NCBI 的一些经历跟大家交流一下 NCBI 的使用。主要有以下四部分内容：如何查找基因序列、mRNA、Promoter如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列运用 STS 查...
ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter
weixin_32352213的博客
12-30 3963
有不少人询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对...... 其实这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。我将结合我自己使用 NCBI 的一些经历跟大家交流一下 NCBI 的使用。主要有以下四部分内容：如何查找基因序列、mRNA、Promoter如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列运用 STS 查找已经公布的引物序列如何运用 BLAST 进行序列比对...
微生物学-引物设计-‌Primer Premier 5.0‌
最新发布
05-11
Primer Premier 5.0 是一款专业的引物设计软件，广泛应用于分子生物学、基因工程和PCR相关研究领域。以下是关于该软件的详细介绍： 1. 主要功能 引物设计： 自动或手动设计PCR、测序、突变实验所需的引物。 支持...
如何在NCBI平台上进行IL6基因的序列查找和引物设计，并使用BLAST工具进行序列比对？
11-09
总之，通过NCBI的Gene数据库、Map Viewer以及BLAST工具，您可以有效地进行基因序列的查找、引物设计以及序列比对，确保您的研究设计具备科学性和准确性。 参考资源链接：[NCBI使用教程：基因序列到BLAST比对的全面...
请详细指导如何利用NCBI平台进行IL6基因的序列查找、引物设计，以及如何使用BLAST工具进行序列比对。
11-09
要充分利用NCBI平台进行IL6基因的序列查找、引物设计和BLAST序列比对，首先需要访问NCBI的官方网站（***）。以下是详细步骤和指导： 参考资源链接：[NCBI使用教程：基因序列到BLAST比对的全面指南]...
NCBI引物设计、检验引物特异性、检索基因序列、BLAST
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NCBI BLAST
微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
Asa12138的博客
05-07 4491
生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC） 是一类非常重要的基因集合类型，随着高通量测序技术和生物大数据处理工具的快速发展，直接从宏基因组（metagenome）中探索BGC的策略已经越来越成熟。
序列比对（alignment）
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06-08 7481
序列比对 NCBI BLAST MEGA 系统发育树
#ncbi #blast
m0_73542388的博客
09-15 9089
ncbi blast基因序列比对
查找文献中基因名称对应的基因号
m0_61966818的博客
04-15 2133
（2）将正反引物序列输入引物框，扩增产物最长长度填写10000（一般基因CDS不会这么长） ，在物种里面选择对应的物种，然后BLAST；（1）一般在补充材料中有相关基因的定量引物或构建载体所使用的引物序列，在NCBI网站中进行Primer-BLAST；有些文献中只有基因名称并未说明基因号，所以无法直接获得基因序列及基因信息，可以根据一下步骤找到对应的基因序列。（3）运行结束后便可得到对应的基因号，并下载对应的基因序列进行验证；
ncbi查找目的基因序列_NCBI大搜索之目的基因寻踪
weixin_35682132的博客
01-03 1450
NCBI大搜索之目的基因寻踪最近经常碰到查找目的基因的问题，那今天就讲一下如何利用NCBI数据库查找目的基因！NCBI(National Center For Biotechnology Information),美国国家生物技术信息中心，分子生物学，生物化学及遗传学领域常用数据库。下面以人的GAPDH为例教你如何利用NCBI数据库寻找目的基因：01打开NCBI主页，选择需要查询的数据库...
剑指offer-例题 栈的压入、弹出序列
qq_39622795的博客
09-28 671
题目描述 输入两个整数序列，第一个序列表示栈的压入顺序，请判断第二个序列是否可能为该栈的弹出顺序。假设压入栈的所有数字均不相等。例如序列1,2,3,4,5是某栈的压入顺序，序列4,5,3,2,1是该压栈序列对应的一个弹出序列，但4,3,5,1,2就不可能是该压栈序列的弹出序列。（注意：这两个序列的长度是相等的） import java.util.ArrayList; import java.util.Stack; public class Solution { public boolean I
ncbi查找目的基因序列_手把手教你调取目的基因mRNA并构建质粒(上)
weixin_31903257的博客
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获得目的蛋白是在研究蛋白功能或者做抗体发现的过程中必不可少的一步。现在获取蛋白的来源很多，可以直接跟一些公司买成品也可以去一些CRO做定制服务，还可以自己扩出目的基因构建到载体中进行表达。如果是少量的蛋白直接购买不仅可以省时间也确实能省不少的事，但是如果是大量的蛋白大部分人可能还是选择自己表达纯化。因为直接买可能比较贵，毕竟没有谁的钱是大风刮来的。前面一篇文章介绍了通过NCBI和uniprot来调...
ncbi查找目的基因序列_学姐教你如何利用NCBI寻找目的基因
weixin_39910481的博客
01-03 3442
NCBI(National Center For Biotechnology Information),美国国家生物技术信息中心，分子生物学，生物化学及遗传学领域常用数据库。下面以纤维素酶cellulase为例教你如何利用NCBI数据库寻找目的基因：打开NCBI主页，选择需要查询的数据库，以查询基因序列为例，选择"gene",并在搜索框内输入查询内容，此处以“cellulase”为例，点击sear...
NCBI使用教程：基因序列、引物设计与BLAST比对
"这篇教程详细介绍了如何使用NCBI（美国国家生物技术信息中心）进行分子生物学相关的查询和分析，包括查找DNA、mRNA、cDNA、蛋白质序列，搜索启动子序列，引物设计以及利用BLAST进行序列比对。教程以人IL6基因为例，...
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