原子速度在分子动力学模拟中是一个重要的参数,不仅决定了当前时刻体系的温度,也决定了原子在下一个的位置。
速度的设置是分子动力学模拟必不可少的一个步骤。
在lammps中,使用velocity命令设置原子的速度,命令格式为:
velocity group-ID style args keyword value ...
其中,group-ID指定哪一组原子将要被设置速度,style决定了速度设置的类型。
常见的速度设置方式有以下三种:
(1)velocity create进行初始化
分子动力学模拟需要有一个初始的状态,因此,当原子模型建立完成,进行minimize能量最小化之后,需要进行速度初始化,体系的温度是由原子的温度计算得到,因此,这个过程也称为温度初始化。
使用的命令为velocity create,例如:
velocity all create