lammps提取和保存data文件中力场参数的技巧

大家好,我是小马老师。
本文介绍lammps提取data文件中力场参数的一个简单方法。
MS建模导出的data文件中包含里力场参数,但是这个参数格式和in文件不同。在data文件只列出来同种原子之间的立场参数,如下图:
在这里插入图片描述

如果要修改个别原子的立场类型,需要用混合势,这时候就需要列出所有原子对之间的立场参数。
传统的方法是把参数写到in文件,排列组合出所有的原子对,手动计算各原子对之间的参数,比较麻烦。

lammps提供了一个保存和输出力场参数的命令:write_coeff。
write_coeff命令把当前模拟中的立场参数提取出来,单独保存到文本文件。
语法比较简单,write_coeff后面加文件名即可:

write_coeff polymer.coeff

如果另写一个in文件继续模拟,可以直接用“include”命令把这个文件读入,不用再单独写力场参数。

用write_coeff命令会自动组合出各原子对之间的参数,如下图:
在这里插入图片描述

在此基础上修改参数,就简单多了。

公众号:lammps加油站

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LAMMPS,要添加相应的oplsaa力场参数,需要在data文件添加相应的分子结构描述和分子参数。下面是一个简单的oplsaa力场参数的例子: ``` LAMMPS Description 8 atoms 4 bonds 2 angles 1 dihedrals 1 impropers Masses 1 12.01 2 1.008 3 14.01 4 15.99 Pair Coeffs 1 0.066 3.5508 # opls_135 C 2 0.044 2.4712 # opls_140 H 3 0.1521 3.0660 # opls_147 N 4 0.21 3.1504 # opls_157 O Bond Coeffs 1 310.0000 1.090 # opls_135 C-H 2 469.8504 1.525 # opls_135 C-N 3 469.8504 1.525 # opls_147 N-H 4 379.0000 1.390 # opls_157 O-H Angle Coeffs 1 37.8000 109.47 # opls_135 C-H-N 2 63.0000 120.00 # opls_135 C-N-H 3 63.0000 120.00 # opls_147 N-H-C 4 37.8000 109.47 # opls_157 H-O-H Dihedral Coeffs 1 0.6300 -1 2 # opls_157 H-O-C-C 2 0.0700 3 2 # opls_135 C-C-H-N 3 0.0700 3 2 # opls_135 C-C-N-H Improper Coeffs 1 0.055 0 # opls_157 O-C-C-H Atoms 1 1 1 0.0 0.0 0.0 # C 2 1 2 0.0 1.09 0.0 # H 3 1 3 0.0 1.40 1.09 # N 4 1 4 0.0 1.40 -1.09 # O 5 1 1 1.53 0.0 0.0 # C 6 1 2 1.92 1.07 0.0 # H 7 1 1 -1.53 0.0 0.0 # C 8 1 2 -1.92 -1.07 0.0 # H Bonds 1 1 2 2 1 3 3 1 5 4 5 6 Angles 1 2 1 3 2 1 3 4 3 2 1 5 4 3 1 5 Dihedrals 1 4 1 5 6 2 2 1 5 7 3 3 1 5 7 Impropers 1 4 1 5 7 8 ``` 上面的例子,首先定义了4种原子的质量,然后定义了4种原子的pair系数、4种键的bond系数、4种角的angle系数、1种二面角的dihedral系数和1种不当角的improper系数。接着定义了8个原子的坐标和类型,以及4个键、2个角、1个二面角和1个不当角的连接方式。这些参数都是oplsaa力场的标准参数,可以在oplsaa力场文献找到。将这些参数添加到data文件,就可以使用oplsaa力场模拟相应的分子了。
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