lammps教程：分子模板编写方法

大家好，我是小马老师。

本文介绍lammps分子模拟的编写方法。

最近几个学员咨询到了甲烷分子模板和水分子模板的编写问题，水分子的模板已经有很多，可以直接下载，但是甲烷的相对较少。

本文介绍一种相对简单的分子模板编写方法，理论上可通过本方法编写任意分子模板。

所谓分子模板，记录了分子的拓扑结构信息，比如包含原子数量、键角数量、原子坐标、键角拓扑关系等信息。

只要我们把分子的以上信息按照分子模板的结构录入进去即可。

关键是这些信息从哪里获得？

比较简单的方式是在MS中建一个分子结构，然后设置力场后导出car文件，使用msi2lmp命令转换为data文件。

如编写甲烷的分子模板，现在MS中建一个甲烷的分子结构：

导出data文件后，用记事本打开data文件，会发现data文件已经包含分子模板所需要的结构信息。

但是这个data的编写格式与lammps分子模板的格式不同，不能直接把data文件作为分子模板使用。

需要做的就是找到一个现有的分子模板