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RSS订阅转载 [转]Eprime的Timing Mode和PreRelease
以下内容来源于：张婕, & 吕勇. (2016). 计算机化心理学实验中的时间精度问题——以 E-Prime 为例.心理研究,9(5), 15-21.https://m.fx361.cc/news/2016/1213/16440668.html可点击文末*阅读原文*直达Pre-ReleaseE-Prime为每一个呈现刺激的控件提供了Pre-Release的属性，该属性允许在当前刺激终止...
2024-04-15 19:41:34
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原创 用ENIGMA-toolbox作图
之前一直使用ggseg呈现结果，最近想试一试其他绘图工具。ENIGMA-toolbox有所了解，绘图功能看起来门槛不高，所以就试着用它呈现一些结果。Matlab版本的ENIGMA-toolbox直接使用就是SurfStat的功能绘图，Python版本的绘图功能应该是根据SurfStat的绘图思路进行改写的。下载和安装参照官网不再赘述。需要注意的是该工具包依赖的numpy和pandas版本较老，若不...
2024-03-29 21:20:07
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原创 梯形法计算AUC
基于图论的分析中，一般会使用一系列不同的阈值将连接矩阵二值化，计算某个网络或节点的属性指标，之后计算曲线下的面积作为该指标的“平均值”。hmm, 这个相对已经标准化的流程也可以做个示意图提升一下文章的档次?!正想说Network Metrics那里可以对不同指标稍作展示，发现放到了补充材料中。(https://t.co/lnFDXTJ7Nn)虽然常用的软件(比如gretna)是可以自动输出曲线下面...
2024-01-21 17:57:38
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原创 [转]上海交通大学医学院附属精神卫生中心科研团队招募科研助手一名，协助成瘾方向研究...
亲爱的朋友们，在这个充满未知和挑战的科学世界里，我们团队正在寻找一位热爱探索、勇于承担的伙伴。你是否渴望在数据的海洋里航行，寻找那些隐藏在数据背后的奥秘？或者，你对那些听起来高大上的研究充满好奇？如果你对心理学、精神病学等领域有所涉猎，如果你认为自己做事认真、善于沟通，那么不妨考虑加入我们。我们提供的不仅仅是劳务报酬，还包括难得的科研经历，或者也是一次弥足珍贵的劝退。王小波或许会说：“世界如此复杂...
2024-01-17 20:40:11
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原创 嵌套交叉验证(Nested CV)
最近，突然想要用R来搞搞机器学习，这让我想起了一个被尘封的草稿，当初让我放弃使用R做嵌套交叉验证的想法。于是，决定好好完善一番再发出去。有些事情不捋清楚，它就会在将来的某个时候等着你，让你心神不宁。先从交叉验证开始。交叉验证交叉验证(Cross Validation; CV)用于检验机器学习的模型表现，选择模型。如下图显示的便是一个3-fold CV。其中loop都使用了相同的随机森林(RF)模型...
2024-01-14 22:17:45
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原创 非负矩阵分解(NMF)的几个相关运用
2022年的存货，也是之前NMF推送中留的坑。>非负矩阵分解NMF介绍<本文列出了几项在生物信息学和神经影像学领域中应用NMF分析的研究。应该是最早将NMF运用到微阵列(Microarray)数据上的文章。作者展示了NMF从癌症相关的微阵列数据中检测生物信息的能力。R包NMF中很多内容都受到了这篇文章的影响，比如默认算法Brunet 2004，甚至输入的矩阵形式采用的都是feature...
2024-01-06 12:38:06
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原创 2023年终总结
迟到的年终总结。本已打算放弃，但是为了和往年保持队形，还是决定记录一下。当我翻看23年公众号发表记录时，不禁感叹其惨淡无光，只能对自己说，2024年再接再厉吧。虽然每年都这么说，但总觉得希望就像路边的野花，不管多少次被踩碎，它还是会在不经意间绽放。教程/技术类Ubuntu22.10安装和配置R/FSL/FreesurferR|使用ggrepel添加文字标签为治疗酒精成瘾，他们选择在大脑里植入电极。...
2024-01-04 22:15:23
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原创 GitHub上传文件：原来技术和耐心都需要升级
把数据上传GitHub，就像那种开箱魔咒，你永远不知道里面会出现什么！echo "GitHub，你为什么要这样对我？!"首先，我尝试了网页版上传，谁知道那东西竟然像个挑食的小孩：一次性不让上传超过100个文件，而且每个文件大小不能超过25MB。echo "25MB? 你当我上传的是情书吗？!"不甘心，我又尝试了VS Code的remote repository功能，能打开远程的repo，但当我想上...
2023-10-30 22:19:08
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原创 Neuroimage编辑集体出走另办新刊
昨天刚收到NI的返修意见，一觉醒来发现Neuroimage的编辑集体出走了。办OA期刊几乎是只赚不赔的生意，特别是像NI这样的Top期刊，有很好的市场。在该则声明中，Elsevier在最后一次回应中，拒绝了编辑们降低APC的要求，表明"market forces support the curent APC"，在Elsevier的眼中大家趋之若鹜，有钱为什么不赚。而另一方面，文章作者，编辑和审稿人...
2023-04-18 10:40:06
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原创 SigClust计算聚类的显著性
评估聚类效果的指标非常多，甚至有工具包clusterCrit提供了多种内部和外部评价指标。外部指标：Czekanowski_Dice, Folkes_Mallows, Hubert, Jaccard, Kulczynski, McNemar, Phi, Precision, Rand, Recall, Rogers_Tanimoto, Russel_Rao, Sokal_Sneath1, Soka...
2023-03-27 12:19:49
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原创 归档|美国博后J1访问学者签证[2019]
流程：1. 拿到DS2019 a. 根据要求购买了一年的人身意外险2. 注册账号并填写DS160表3. 交SEVISI9014. 预约/付费由于不是旺季，所以预约还是算顺利。拿到ds2019距离项目开始只有2周时间，预约上时间还是有点紧张。最搞笑的事情是为了刷slot，自己写了刷新脚本，账号直接被冻结了72小时????。账号解冻之后居然直接就预约到了最近的，也没有申请加急。6. 面签带了一堆材料，签...
2023-03-27 12:19:49
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原创 RepoNeuroVis：神经影像可视化新手指南
神经影像学是研究大脑结构和功能的重要工具之一。可视化将复杂的神经数据转化为直观、易于理解的图像和图表，是研究者展示和分析数据的手段。使用代码生成图片，相比于GUI作图有诸多好处，例如更好的可重复性，灵活性和集成性，以及提高作图效率。最近有人做了一个RepoNeuroVis，为可视化提供了一些便利，主要包括以下方面：practical guide (why should I?)package sel...
2023-03-23 15:36:54
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原创 归档|2022投稿的流水账
文章一先投了Nature Neuroscience，大概等了2个星期没有送审就拒了。当时可以试Jama Psychiatry，但考虑到要重新精简文章，也有可能要重做补充材料的表格就放弃了。在系统里一键转到了Molecular Psychiatry。一切都还算比较顺利，三天送审，差不多一个月拿到修改意见，算是一个小修，没有截止时间。初稿做的对显著相关基因的ORA，审稿人都提出对相关做GSA，搞懂流程...
2023-03-23 15:36:54
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原创 细胞类型基因集整理
从Allen Human Brain Atlas(AHBA)中提取基因表达数据和大脑表型做相关是一种常见的分析方法。由于基因集的确定通常是基于不同的策略和目的，同一种细胞类型存在不同的基因集。而选用不同的基因集可能导致不同的分析结果，因此，研究人员在使用基因集时应该考虑到其可能存在的局限性，并且应该进行适当的敏感性分析和验证。此外展示结果时应提供详细的基因集信息，以帮助其他研究人员重现和比较研究结...
2023-03-12 14:14:40
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原创 归档|2022年12月香港转机回国
本文记录了2022年12月香港转机回国的大致的流程和细节，一切都是特殊时期的产物，已无太多参考意义。虽然目前已经放开，但是貌似航班并未恢复到疫情以前，从香港转机回国没有了复杂的程序，应该也是不错的选择。2023/03/12------------------------预定机票和住宿工作的合同到明年6月份结束，各方面的因素让我选择提前到12月回国。其中之一就是香港转机回国路线难度大大降低，入境香...
2023-03-12 14:14:40
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原创 将ChatGPT整合到Word中
引言自ChatGPT出现，各种基于它的软件扩展纷至沓来，目前Word支持ChatGPT的add-in有两款，可以通过:插入->获取加载项->搜索openai查看。其中Ghostwriter从介绍上看功能比较单一，而且软件需要购买，用自己的API-key，意味着调用API还要单独出钱。第二个，软件似乎是免费的，应该也是用自己的API-key。从介绍的视频上看符合使用的预期，可以发送选取的...
2023-02-16 17:05:16
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原创 为治疗酒精成瘾，他们选择在大脑里植入电极。
酒精成瘾可导致多重危害，如身体健康问题（如肝脏损害、心脏疾病、癌症），精神健康问题（如焦虑、抑郁、认知障碍），社会关系问题（如家庭冲突、工作失职、破裂关系）等。对于治疗酒精依赖，医疗保健专业人员通常采用多项策略，如药物治疗、行为疗法、心理治疗和支持性治疗。这些策略的选择取决于个体的情况，例如严重程度、与酒精的关系等。治疗过程通常较长，并需要个体和家庭的支持。神经外科手术并不是一种常见的治疗酒精成瘾...
2023-02-05 12:06:04
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原创 R|使用ggrepel添加文字标签
最近在用ggrepel，这里记录一些官网教程中的概要。与其去搜答案，不如过一遍软件的示例，大部分的问题都能迎刃而解。更详细的内容可参照官网教程：https://ggrepel.slowkow.com/articles/examples.html>基本用法<相比于geom_text()增加标签，它主要的作用就是让标签和数据点分离。其中标签的文字用aes中的label定义，之后就是调整文字...
2023-01-26 19:34:22
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原创 Ubuntu22.10安装和配置R/FSL/Freesurfer
2018年购入的台式机，一直处于吃灰状态，决定安装Ubuntu方便学习和使用一些基于Linux系统的软件。本文记录相关软件的安装和配置。>安装Ubuntu22.10<到官网下载ISO文件。将一个闲置U盘通过Rufus制作为安装盘。重启按F11设置引导盘，选择U盘进入后，出现几个选项：如果电脑带有英伟达的显卡，大概率第一选项是要卡在安装界面的。各种搜索后了解到大概的原因是：Ubuntu自...
2023-01-21 11:11:05
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原创 TemplateFlow：一个跨物种，多尺度脑部模板和图谱的共享平台
Problem大脑的参考模板在神经影像工作流程中起着核心作用，是报告标准化结果的基础。而模板或者图谱的选择是不同研究中方法学差异的一个相关来源，最近被认为是对神经科学可重复性的一个重要挑战而受到关注。大多数情况下，我们所使用的模板由神经影像软件提供。以MNI空间为例，SPM，FSL和FreeSurfer都提供了MNI空间的模板。SPM96和更早版本使用的是单一被试的模板Colin27，SPM99之...
2023-01-07 23:12:58
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原创 几个潜在的AI科研助手
最近看到一个新闻说ChatGPT被某科研文章列为作者之一。以自然语言处理和深度学习为基础的人工智能在语言修改润色和翻译方面表现优异，似乎还将改变一些传统的论文阅读和写作方式。本文记录几个最近了解到的几个工具。Scispace地址：https://typeset.io/搜索可以获取相关文献，一些最新的文献不在他们数据库中，无法检索到。对于有Full-text的文章，还会自动生成一句话的总结TLDR。...
2023-01-04 21:26:30
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原创 2022年终总结
本文是2022年推送的索引，方便以后查阅。文献类青春期发育阶段的测量精神疾病风险相关电压门控阳离子通道活动的发展概况一批PET map来袭识别MCI高风险亚型研究表明：漂亮的配图会让数据/结果看起更可靠小样本BWAS研究结果可重复性较低各类神经精神疾病的共同的皮质异常选用高质量rs-fMRI数据可能会导致偏差Null models in network neuroscienceVirtural h...
2022-12-31 15:57:01
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原创 计算全局莫兰指数(Moran's I)
简介Moran's I是澳大利亚统计学家莫兰在1950年提出的一种测量空间自相关的测量方法。空间自相关指信号在空间的邻近位置之间呈现相关性，因为是多维和多方向的，它比一维自相关更复杂。莫兰全局指数可以反映数据离散或者聚集的程度。例如，这里白方和黑方是完全分散的，此时全局莫兰指数将是-1。计算计算公式如下(Wiki)：其中x为数据，w为空间权重，W为所有空间权重的和。权重矩阵w的计算使用较多的是距离...
2022-11-20 07:15:26
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原创 JS代码下载Shiny网页应用中的数据
需求该文使用RNA-seq的数据做了病人组和控制组的信息挖掘工作。说好的数据共享，却是不知所踪。INIA和COGA的网站？没有链接，根本找不到。GEO？没有ID，去GEO搜索该文章也搜不到。发邮件给作者？一作邮箱查无此人。。用他们的Shiny app？根本没有下载的按钮。其实在Shiny中加入下载按钮大概就是5分钟的事情，却要让用户花50分钟下载到这些数据。由于Shiny网页运用似乎没有明确的网页...
2022-10-20 07:52:57
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原创 Neuroimaging 海外职位信息
最近开始找职位，顺便授人以渔，给即将失业的童鞋分享以下信息渠道。1. 常见会议的网站认可度较高的会议会有专门的招聘板块，甚至设有线上的招聘网站。比如OHBM就有专门发布招聘和求职信息的网站：https://jobs.humanbrainmapping.org/jobs/另外Flux也有专门发布职位信息的网站：https://fluxsociety.org/job-bank/2. 常用软件的Emai...
2022-10-13 05:57:39
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原创 分层聚类(Hierarchical clustering)
简介分层聚类算法试图建立一个聚类的层次结构，有两类：聚合型(agglomerative)和分裂型(divisive)。聚合法最初将每个数据点作为一个单独的聚类，然后迭代合并，直到最后的聚类中包含所有的数据点。它也被称为自下而上的方法。分裂聚类遵循自上而下的流程，从一个拥有所有数据点的单一聚类开始，迭代地将该聚类分割成更小的聚类，直到每个聚类包含一个数据点。下图展示的便是聚合法的示意图。流程聚合分层...
2022-09-14 05:01:03
7841
原创 计算Jaccard相似性
简介Jaccard相似性是一种常见的接近度测量，用于计算两个对象之间的相似性，例如两个文本文件。Jaccard相似性可以用来寻找两个二进制向量之间的相似性，或者寻找两个集合之间的相似性。在需要度量二进制变量之间的相似程度，Jaccard便是可用的度量之一。它常被用于以下场景：文本挖掘：根据两个文本文件中使用相同术语数量，找到两个文本文件之间的相似度电子商务：从一个有数千名顾客和数百万件商品的市场数...
2022-09-08 08:45:24
3559
原创 Virtural histology分析
本文介绍基于AHBA的virtual histology分析。Vitural histologyVitural有一个意思是：通过计算机，特别是通过网络进行、访问或存储。Histology组织学，或称显微解剖学，是一门对生物组织的微观研究，研究它们的形成、构造和功能。Histology(组织)是指生物体中相同或相似的细胞集合以执行特定功能的细胞群(Wiki)。这是作者在文中对Virtual his...
2022-09-03 08:21:50
280
原创 机器学习的几种反例anti-patterns
这篇文章总结了在一系列金融分析应用中，在企业中大规模开发和部署机器学习模型的经验教训。作者用反模式（反例）的形式呈现的，并且归纳了有几个有意思的词语方便记忆，比如Grade-your-own-Exam/Tuning-under-the-carpet。听说作者都是该领域的专家。由于是金融领域，有一部分的关注点是时间序列的预测，这里仅对一些有意思的观点作整理。简单总结如下：建...
2022-07-31 04:16:46
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原创 R|ggsegExtra绘制Desterieux统计结果
ggseg默认绘制的是基于Desikan模板的结果，ggsegExtra进一步将绘图功能拓展到了20多个(包括常见的power, Gordon, Desterieux, Schaefer, Glasser, Yeo2011)。作者还提供了如何自制模板的教程，看起来也不复杂。详情见https://ggseg.github.io/ggsegExtra/????安装工具包方法1添加他...
2022-07-24 04:55:44
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原创 非负矩阵分解NMF简介
本文整理NMF相关知识。简介非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization)，简称NMF，是由Lee和Seung于1999年在自然杂志上提出的一种矩阵分解方法，它使分解后的所有分量均为非负值(要求纯加性的描述)，并且同时实现非线性的维数约减。NMF已逐渐成为信号处理、生物医学工程、模式识别、计算机视觉和图像工程等研究领域中最受欢迎的多维数据...
2022-07-15 04:37:57
6600
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原创 开源数据2
文章地址https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.09.21253168v2NKI-Rockland Sample initiative was created to probe lifespan development as a large-scale multimodal dataset. The NKI-Rock...
2022-06-16 00:13:06
264
原创 基因集富集分析(GSEA)
GSEA简介首先简单介绍一下GSEA，它是2005年在PNAS上发扬光大的方法，沿用至今，目的是看差异表达的基因在哪些基因集中富集。相比于Over-representation只关注显著差异表达的基因，GSEA分析纳入所有基因，将一些微弱但不显著的效应考虑在内。假设做了AHBA的10000个基因表达和大脑表征相关，其中300个基因经过检验是显著相关的，ORA富集分析这30...
2022-06-11 08:28:28
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原创 Null models in network neuroscience
假设你获得了一个以前没有研究过的物种的连接组。你发现，该网络的聚类系数是0.3。这是大还是小？在一个具有类似规模的随机网络中是否可以观察到同样的特征？Null网络模型其实是构建具有某些特征的大脑网络的一套方法。真实网络和Null网络之间的比较可以让我们能够区分特征之间的依赖关系。Bratislav Misic等人在2021年对比了几种brain map几种Null模型，最...
2022-06-01 09:01:08
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原创 选用高质量rs-fMRI数据可能会导致偏差
这项研究考察了静息态功能磁共振(rs-fMRI)数据质量与ABCD中的临床和社会人口学变量的关系。使用Chi-squared和t检验，对比了高质量rs-fMRI数据(FD ≤0.15; 低噪音; n = 4,356)与低质量数据样本(高噪音；n = 7,437)。使用线性混合模型研究了低噪音数据样本中临床和社会人口学特征与平均头动之间的关系。结果表明，相对于高噪音数据的...
2022-05-26 08:00:09
358
原创 用山脊图展示后验分布
目标是展示各个ROI后验分布，95%HDI以及Mode值。在Kruschke的书中，他就提供了可以直接生成下图的函数。当有多个ROI的后验分布需要展示时，山脊图就成了不错的选择。ggridges的官方教程(https://wilkelab.org/ggridges/articles/introduction.html)一看就会不多做介绍，这里只记录教程里没怎么提及的五毛特...
2022-05-22 06:16:35
490
原创 Common cortical abnormalities across neuropsychiatric disorders
传统的case-control比较，关注的主要是同一类疾病的大脑异常，最近一系列的研究都表明在多种疾病存在共同的皮层异常。本文将简要梳理一部分研究中与MRI相关的结果。文献1该研究主要就是做相关并且做了spin-test。不过在SCZ/BD/MDD的基础上加入了22q，除了常见的CT和SA还考察了SV和FA。作图使用SCZ的效应量作为基线，说明他们关注的点是SCZ和其他...
2022-04-23 07:17:25
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原创 美国F1/J1报税参考资料
前两年用学校买的软件Sprintax报税比较简单，但今年由于报税身份从Non-resident Alien(NRA)自动变成了Resident Alien(RA)，Sprintax仅针对NRA，因此无法使用。再由于填了W-9表，学校发钱的时候不扣税，他们说工资是fellowship payments没有W2表。结果就是常用的免费报税软件TurboTax似乎也不正常工作了。...
2022-04-09 05:28:27
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原创 Endnote使用经验分享
The best当之无愧，本文分享一些使用经验，其中4和5是重点分享内容。基础操作不作介绍，网上一搜一大把。1.根据项目对引文进行管理按照项目建立library管理该项目相关文献，大部分文献都是在写作阶段添加到library中，主要的阅读集中在了Endnote以外。因此它对于我来说更像是一个引文管理工具而非个人文献库。2. 导入文献信息在Chrome工具中使用谷歌学术的扩...
2022-04-03 23:31:10
1144
转载 Workshop信息 |Causal Inference from Longitudinal Data
Free 报名截止3月29号已报名Day2/Day3https://www.longitudinaldataanalysis.com/programPeople are often interested in making a causal inference from time-series or longitudinal data - data in which on...
2022-03-28 06:17:04
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