RNA-seq(6):数据可视化——学习笔记

最新推荐文章于 2024-08-23 02:13:55 发布

leo12354

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分类专栏：生信分析文章标签：经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/leo12354/article/details/107689656

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本文是关于RNA-seq数据分析的学习笔记，重点介绍了使用DESeq2进行数据处理，并通过plotCounts()函数观察基因在不同组间的差异。应用variance stabilizing transformation (VST)以减小方差对均值的影响，特别是在低均值时。

摘要由CSDN通过智能技术生成

参考链接：
Data visualization

Analyzing RNA-seq data with DESeq2翻译（2）
R里面有很多需要学习的东西，这一篇的学习占了我一下午的时间。

#这一部分和RNA-seq(5)学习笔记代码一样，因为之前我的res文件丢失，故重新做了一份
setwd("D:/biotech/RNA/aligned")
getwd()

options(stringsAsFactors = FALSE)

library(DESeq2)
remove(treat2)
#读数据
mycounts<-read.csv("readout.csv")
rownames(mycounts)<-mycounts[,1]
#把带ID的列删除
mycounts<-mycounts[,-1]
head(mycounts)

condition <- factor(c(rep("control",2),rep("treat",3)), levels = c("control","treat"))
condition

colData <- data.frame(row.names=colnames(mycounts), condition)
colData

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(mycounts, colData, design= ~ condition)
dds <- DESeq(dds)
dds

res = results(dds, contrast