如何用Graphpad Prism 8制作火山图

01

 数据预处理。

小编用手里现有的组学数据进行分析（因为数据比较多，截图只展示一部分），首先将数据按Log2FC和FDR进行筛选，选出显著上调、显著下调和差异不显著的基因（这里筛选标准为Log2FC<-1.2或>1.2，FDR < 0.05）。

 

（部分原始数据）

 

 

 

02

数据录入和标准化

 

我们将处理好的数据输入到Prism的XY表格中，做散点图。

                                               

 

首先将FDR值进行标准化。对FDR (up)、(down)和(ns)这3列取对数，进行标准化（当然也可以在Excel表格中进行对数标准化，在这里不赘述）：点Analyze，选择Transform，对数据进行标准化。

 

（数据标准化过程）

 

然后在弹出的计算公式窗口中选择内建的“Y=-1*log(Y)”，点OK完成计算，得到标准化后的数据。

 

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