TCGA免疫浸润评价数据库，TIMER 2.0 使用指南

最新推荐文章于 2023-08-09 15:15:36 发布
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对于RNA-seq的数据，之前我们的分析方法只是局限于单个基因之间的整合分析，最多也就是做一下富集这样的聚类分析。前段时间随着肿瘤免疫的热度，也有人试着开始利用RNA-seq这样的数据来评价患者的免疫情况。

 

基本的过程也就是我们提供RNA-seq的数据。然后使用相对应的算法来评估每个样本的免疫浸润程度。51xxziyuan.com

 

下载.jpeg

 

目前关于免疫浸润的评估就有 TIMER, CIBERSORT, quanTIseq, xCell, MCP-counter等一些的算法，这些很多都是需要自己下载代码来进行分析的。但是TIMER算法的作者，最近把TCGA所有癌症的RNA-seq的基于不同算法的结果都进行了运算，同时也把结果放到了网站上，这样我们就可以查各个算法当中具体的免疫情况。今天我们就来介绍一个TIMER 2.0这个数据库。

 

文章详细内容<<<<<

 

 

 

 

【TCGA 2.0】选择特定的肿瘤数据集
写代码的犄角旮瘩
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部分选择数据平台，如果目前的界面没有自己想要的数据库，可以单击＋16more按钮，展开剩下的数据平台。单击＋号按钮，新建cohort。这个可以保存我们下面的操作，方便以后循环使用。在自己所有操作都完成后，可以保存一下当前的所有选择，下一次可以重复使用。在这里可以选择自己想要的数据类型，例如转录组、病理图像WSI等等。单机后，左边的框中会出现"Unsaved_Cohort"字样。
【TCGA 2.0】选择病理图像数据并添加到购物车
最新发布
写代码的犄角旮瘩
08-15 899
可以根据自己的需求选择类型。如果有需要，可以进行筛选。添加之前，确认一下购物车中的数据是否是跟这次的数据一起下载，如果不是一起下载，需要先清空购物车。因为TCGA平台中的病理图像大多是svs格式的，所以首先使用数据格式进行筛选。部分选择open的数据。因为只有open的数据可以免费下载，有访问权限的数据比较麻烦。单击“Add All Files to Cart”，将数据添加到购物车。部分可以筛选出肿瘤病例。如果需要正常和肿瘤病例，这步可以不用筛选。填写自己想要保存的名称，并单击save键，保存操作。
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33种TCGA肿瘤的拷贝数GISTIC2.0分析结果 单价29.9元，付款后私信给博主，博主分享网盘链接。
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