代谢组学的相关分析数据库，MetaboAnalyst 5.0 使用指南

最新推荐文章于 2025-03-18 15:32:59 发布
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目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst 。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。

PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀

下载.jpeg

关于MetaboAnalyst。其主要是基于作者开放的一个R语言包MetaboAnalystR来进行分析了。如果有相关R语言操作基础的。也是可以使用这个包进行分析的。下载 (1).jpeg

 

 

数据库主要功能介绍

 

目前作者把代谢组学的数据分析基于不同的数据类型和分析目的分成了13个功能。我们可以基于这自己的数据类型和分析目的来选择不同的功能即可。

 

文章剩余内容<<<<

 

 

代谢组数据分析（九）：代谢物与临床指标的相关性分析（spearman）
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06-24 2266
通过精心挑选特定的代谢物和临床指标进行Spearman相关性分析，我们成功地识别出了这两组数据之间显著的相关性模式。这一发现为我们深入理解代谢物与疾病之间的潜在联系提供了重要线索，并可能有助于发现新的生物标志物，从而在疾病的早期诊断和治疗中发挥关键作用。通过这种方法，我们能够揭示代谢物变化与临床指标之间的复杂关系，为精准医疗和个性化治疗策略的制定提供了科学依据。
代谢组数据分析（十一）：代谢组和临床指标矩阵的典型相关分析
专注生信领域
06-29 817
CCA（典型相关分析）首要难题在于选取环境变量。确定重要潜在环境变量是否被测量至关重要，变量选取过多或过少均会引发问题。过多选取变量，虽看似关系强烈，但实则逐渐不受约束，当变量数与样本单元数相近时，CCA 与 CA（主成分分析）结果趋同，且受诸如拱效应等相同方法论问题影响。而选取变量过少，会使分析中样本单元无法以变量的线性组合得以充分代表，从而影响分析结果的准确性与有效性，难以全面揭示变量间关系。
技术贴 | MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-23 7482
本文由面瘫的猫编译，董小橙、江舜尧编辑。原创微文，欢迎转发转载。导读MetaboAnalyst是一款基于网络的用于代谢组学数据分析、注释，并整合其他组学数据的工具套件。本文介绍了这一实用...
代谢组与微生物联合分析实战
修罗神的海岛
06-01 1983
微生物组测序（主要指扩增子测序、全长扩增子测序与宏基因组测序）可提供细菌构成、基因丰度和功能性信息，可以解决“who is there”（那儿有谁）和“what are they doing”（在干嘛）的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决“what have really happened”（究竟发生了什么）的问题。生物科学研究过程复杂，单独和片面的单一组学无法解释清楚生物学问题，多组学就显得尤为重要。近年来，随着微生物组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者开始将微生物组学.
基于MetaboAnalyst的代谢组数据分析（入门）
最新发布
2302_78471685的博客
03-18 1735
normalization的作用是将数据变得符合正态分布，数据转换是为了减小数量级不同带来的差异，数据缩放是为了调整数据范围。侧边栏也有官方教程可以看，点击侧边栏的Tutorial就行。然后还有一些数据格式什么的东西，可以自行探索，能够做的功能从首页下滑就都有介绍。本文依然只是一个自己对于这个网站的探索和应用试验。主线在于自行利用数据进行简单的分析。（网站本身会有用于学习的公开数据，比如该界面的公开数据可以下滑自行选择下载利用或观看）1. 数据格式：网站分析对于数据有格式要求，每个地方都有说明，自行查看。
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一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据
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主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（Partial Least Squares-Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。
如何使用METABOANALYST
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### METABOANALYST 使用教程和操作指南 METABOANALYST 是一款用于代谢组学数据分析的强大在线工具，提供了多种功能模块来支持数据处理、统计分析以及生物通路解析。对于初次使用者来说，了解其基本架构和主要特性是非常重要的。 #### 一、注册与登录 访问 METABOANALYST 官方网站并创建账户或直接通过社交媒体账号快捷登陆[^2]。这一步骤确保用户能够保存项目进度和个人设置以便后续调用。 #### 二、导入数据集 点击首页中的 "Upload Data" 按钮进入文件上传页面。这里支持多种形式的数据输入方式，包括但不限于文本文件(.txt)，逗号分隔值文件 (.csv) 和 Excel 文件 [.xls(x)] 。值得注意的是，为了提高效率，建议提前整理好待分析样本的信息表头及数值格式[^3]。 #### 三、预处理阶段 完成数据加载之后，可以选择相应的预处理选项卡来进行必要的转换工作，比如缺失值填补、标准化等。这些步骤有助于消除噪声干扰因素从而获得更可靠的结果输出。 #### 四、执行核心分析流程 - **描述性统计**：提供关于变量分布特征的基础概述； - **差异表达检测**：识别不同条件下显著变化的目标分子； - **聚类/分类建模**：探索潜在模式关联关系； - **富集测试&路径映射**：揭示生物学意义层面的影响机制。 每项任务都配有详细的参数配置向导帮助研究者设定最合适的条件组合以满足特定需求。 ```python # Python 示例代码片段展示如何自动化部分重复性的前处理环节 (假设已安装pandas库) import pandas as pd def preprocess_data(file_path): df = pd.read_csv(file_path, sep='\t') # 调整sep参数匹配实际分隔符 # 填充NA值 df.fillna(df.mean(), inplace=True) # 数据缩放 from sklearn.preprocessing import StandardScaler scaler = StandardScaler() scaled_df = pd.DataFrame(scaler.fit_transform(df), columns=df.columns) return scaled_df ```
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