如何确认RNA的质量?附RNA提取实验方法技巧分析

本文介绍了检测RNA质量的有效方法,包括通过吸光度检测RNA纯度(OD260/OD280比率)及通过琼脂糖凝胶电泳评估RNA完整性。此外还提供了一种检测RNA酶残留的方法。

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       各位都知道,提取到质量良好的RNA(包括总RNA和mRNA,以下同)是非常困难,关于RNA的提取技术,我就不说了,为什么呢?或许各位非常关心呢,我是这样想的,我可以看到的资料或者是厂家的说明书,各位也同样可以看到的,内容当然都是一样的了,所以实验做的好不好,主要是心的投入多少的问题,所以希望大家自己多多思考啊!
 

    提取技术虽然不说了,但是我可以告诉各位如何准确确认RNA质量的有效方法(可能是最简单而有效的,如果你已经知道了,也请你不要笑话我孤陋寡闻了!)

一、如何确认RNA的质量

以下两种方法,相信大家都知道的:

1)检测RNA溶液的吸光度

280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。一般的,我们只看OD260/OD280(Ratio,R)。

1.8<R>2.0时,我们认为RNA中蛋白或者时其他有机物的污染是可以容忍的,不过要注意,当你用Tris作为缓冲液检测吸光度时,R值可能会大于2(一般应该是<2.2的)。当R<1.8时,溶液中蛋白或者时其他有机物的污染比较明显,你可以根据自己的需要决定这份RNA的命运。当R>2.2时,说明RNA已经水解成单核酸了。

2)RNA的电泳图谱
    一般的,RNA的电泳都是用变性胶进行的,但是根据我的经验,如果你仅仅是为了检测RNA的质量是没有必要进行如此麻烦的实验的,用普通的琼脂糖胶就可以了。

    电泳的目的是在于检测28S和18S条带的完整性和他们的比值,或者是mRNA smear的完整性。一般的,如果28S和18S条带明亮、清晰、条带锐利(指条带的边缘清晰),并且28S的亮度在18S条带的两倍以上,我们认为RNA的质量是好的。

    以上是我们常用的两种方法,但是这两种方法都无法明确的告诉我们RNA溶液中有没有残留的RNA酶。如果溶液中有非常微量的RNA酶,用以上方法我们很难察觉,但是大部分后续的酶学反应都是在37度以上并且是长时间进行的。这样,如果RNA溶液中有非常微量的RNA酶,那么在后续的实验中就会有非常适合的环境和时间发挥它们的作用了,当然这时你的实验也就完了。

下面,我们介绍一个可以确认RNA溶液中有没有残留的RNA酶的方法。

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参考资源链接:[酵母双杂交技术指南:从构建到筛选](https://wenku.csdn.net/doc/41i8rx4uzm?utm_source=wenku_answer2doc_content) 构建高效的cDNA文库并利用共转化方法进行筛选是酵母双杂交实验中的关键步骤。首先,为了保证文库的质量和多样性,需要从目标组织或细胞中提取质量的总RNA,并通过逆转录酶将mRNA转录为cDNA。然后,可以使用特定的限制性内切酶对cDNA进行酶切处理,以确保插入片段的适中大小,从而提高文库的代表性。接下来,将处理好的cDNA片段连接到相应的酵母载体上,如pGADT7-Rec(AD载体)或pGBKT7(BD载体)。 在构建好文库后,进行共转化是筛选相互作用蛋白质对的重要步骤。首先需要准备含有DNA结合域(BD)融合蛋白的酵母菌株,然后将文库质粒与其共转化到酵母中。共转化可以使用醋酸锂法或电穿孔法,需要注意的是,要优化转化条件,比如质粒DNA和酵母感受态细胞的比例,以及酵母细胞的浓度,以获得最佳转化效率。 共转化后,选择性培养基用于筛选那些能够触发报告基因表达的酵母克隆。这些克隆中含有能够与BD融合蛋白发生相互作用的AD融合蛋白。利用报告基因的表达(如His、Ade或lacZ基因),可以从大量转化的酵母克隆中筛选出阳性相互作用克隆。阳性克隆可以通过进一步的β-半乳糖苷酶活性测定进行验证,确保结果的准确性。 推荐《酵母双杂交技术指南:从构建到筛选》作为深入学习该技术的全面指南。其中不仅包含了实验操作的详细步骤,还提供了实验中可能遇到的问题的解决方案和结果分析方法。此外,为了更深入地理解实验过程和提高实验技巧,还可以参考CLONTECH酵母双杂中文版.doc,该文档将指导你在酵母双杂交实验中构建高效文库并成功进行共转化筛选。 参考资源链接:[酵母双杂交技术指南:从构建到筛选](https://wenku.csdn.net/doc/41i8rx4uzm?utm_source=wenku_answer2doc_content)
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