3D slicer软件下简单的分割过程,以备后用。
第一步:获取xxx.nrrd文件
xxx.nrrd文件是slicer使用的CT扫描数据,我们后文的分割就是建立在其上的。
打开slicer软件,选择welcome to slicer模式,选择download sample data下载。我选择的是CTACardio。最终得到CTA-cardio.nrrd文件。
分割线
静待其下载,当下载完成后,如上右图,slicer界面的右面会出现CT扫描图。这表示已经下载完成。
为了以后的导入方便,接下来依次选择File 、save将nrrd文件保存在自定义路径,便于后面取用。
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这样我们就得到了一个可以用来分割的nrrd文件。
第二步:分割器官(以liver为例)
2.1 导入nrrd文件
导入文件:打开slicer,依次选择File,Add data,choose File to Add,选择之前保存的路径找到CTA-cardio.nrrd文件,即可导入。在data模式下查看效果如下图。
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/763024e65b6c6eb66e7e6e1da224705f.png)
2.2 创建分割文件
如下左图,选择Segment Editor模式。Master volume选项下选择CTAcardio。然后按下按钮Add。得到绿色的Segment_1。
如下右图,选择data模式,可以看到多出来一个文件,这就是我们的分割文件。
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2.2 具体的分割文件操作。
返回Segment Editor模式。
2.2.1 调控阈值
选择Threshold,在slicer的视图中找到liver肝脏所处的位置,然后调整Threshold range的上下界可以改变CT上的绿色范围。选取能够较清晰分清liver的边界的这样一个范围,记住这个数值。
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2.2.2调整灰度
如果对这个阈值结果不满意,则方案1 :如下左图,选中红色色圈围住的按键,鼠标左键移动来调控模型的灰度。
方案2:如下右图,选择volume模式。在volume模式下,调整Window和level值,调整阈值,来改变模型的灰度情况。
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2.2.3 重复上述操作
稍微重复一两次上述两部操作,选择出比较好的阈值,以绿色范围比较符合我们的分割期望为宜。
2.2.4 分割
选择segment模式下的paint,这个时候我们之前选择的阈值就有作用了。如下面左图红色箭头位置地方设置阈值。依据蓝色箭头设置分割的工具,这几个选项均可以顾名思义理解。
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/a560ce2863ed7287b1a44edee43571fb.png)
然后在右边三个CT视图里描绘。如下图所示,我们选中的黄色圈内并不是都被染上了绿色,而只有在阈值范围内的区域才会着色。这一操作可以帮助我们快速确定边界。可以看到通过这一方法我们可以确定肝脏的上边界,接下来就是按照类似的方案去继续确定周围边界。
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2.2.5 擦除
通常由于操作不当或者阈值选取的问题,分割会有一些多余的地方,可以选择erase进行擦除
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2.2.6 重复上述操作,可以看到最终的分割结果
![](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/cd199ee5cce9afd131e2b9abc06b6c22.png)
散碎
下载slicer链接: https://download.slicer.org/
移动视图: 选中其中一个CT视图,按住shift+鼠标左键移动
放大缩小视图: 选中一个CT视图,按住ctrl+鼠标左键移动