3D slicer分割器官的步骤简介（一）

3D slicer软件下简单的分割过程，以备后用。

第一步：获取xxx.nrrd文件

xxx.nrrd文件是slicer使用的CT扫描数据，我们后文的分割就是建立在其上的。
打开slicer软件，选择welcome to slicer模式，选择download sample data下载。我选择的是CTACardio。最终得到CTA-cardio.nrrd文件。

分割线

静待其下载，当下载完成后，如上右图，slicer界面的右面会出现CT扫描图。这表示已经下载完成。

为了以后的导入方便，接下来依次选择File 、save将nrrd文件保存在自定义路径，便于后面取用。

分割线

这样我们就得到了一个可以用来分割的nrrd文件。

第二步：分割器官（以liver为例）

2.1 导入nrrd文件

导入文件：打开slicer，依次选择File，Add data，choose File to Add,选择之前保存的路径找到CTA-cardio.nrrd文件，即可导入。在data模式下查看效果如下图。

2.2 创建分割文件

如下左图，选择Segment Editor模式。Master volume选项下选择CTAcardio。然后按下按钮Add。得到绿色的Segment_1。
如下右图，选择data模式，可以看到多出来一个文件，这就是我们的分割文件。

分割线

2.2 具体的分割文件操作。

返回Segment Editor模式。

2.2.1 调控阈值

选择Threshold,在slicer的视图中找到liver肝脏所处的位置，然后调整Threshold range的上下界可以改变CT上的绿色范围。选取能够较清晰分清liver的边界的这样一个范围，记住这个数值。

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2.2.2调整灰度

如果对这个阈值结果不满意，则方案1 ：如下左图，选中红色色圈围住的按键，鼠标左键移动来调控模型的灰度。

方案2：如下右图，选择volume模式。在volume模式下，调整Window和level值，调整阈值，来改变模型的灰度情况。

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2.2.3 重复上述操作

稍微重复一两次上述两部操作，选择出比较好的阈值，以绿色范围比较符合我们的分割期望为宜。

2.2.4 分割

选择segment模式下的paint，这个时候我们之前选择的阈值就有作用了。如下面左图红色箭头位置地方设置阈值。依据蓝色箭头设置分割的工具，这几个选项均可以顾名思义理解。

然后在右边三个CT视图里描绘。如下图所示，我们选中的黄色圈内并不是都被染上了绿色，而只有在阈值范围内的区域才会着色。这一操作可以帮助我们快速确定边界。可以看到通过这一方法我们可以确定肝脏的上边界，接下来就是按照类似的方案去继续确定周围边界。

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2.2.5 擦除

通常由于操作不当或者阈值选取的问题，分割会有一些多余的地方，可以选择erase进行擦除

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2.2.6 重复上述操作，可以看到最终的分割结果

散碎

下载slicer链接： https://download.slicer.org/
移动视图： 选中其中一个CT视图，按住shift+鼠标左键移动
放大缩小视图： 选中一个CT视图，按住ctrl+鼠标左键移动