基因组学 实验

最新推荐文章于 2022-03-30 22:33:13 发布
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基因组学 实验

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Linux command line

生物信息学非常有用的一行代码集成
Bioinformatics one-liners

实验一 基因组组装(Assemble)

基于短读段（Illumina）的基因组组装
基于长读段（pacbio）的基因组组装

实验二 基因组比对(Mapping)

实验三 基因组注释(Annotation)

实验四 转录组差异基因分析(DE analysis)

实验五 SNP分析

wangchuang2017
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专栏目录
基因组生物信息学实验（三）：基因组模拟测序（1）
liyunfan00的博客
07-09 1769
基因组模拟测序（1）：主线的内容 step1：方法 通过 NCBI 的子库 Genome 获得 YJM1386 菌株的基因组测序数据。 使用 art 系列软件中的 art_illumina 程序,对下载基因组序列进行 测序平台为 Hiseq2000 的全基因组测序模拟 5 次, 参数设置见下表。统计模拟结果,计算理论覆盖度(m)、丢失率和覆盖率。 -l -f -m -s 第一次 ...
基因组生物信息实验（二）：整体流程概述
liyunfan00的博客
07-09 852
本次基因组实验对象为 Saccharomyces cerevisiae(YJM1386); 实验主线为两条,第一为基因组测序模拟,用模拟后的结果进行序列 组装;第二为基因组注释,并将注释结果可视化。 step1：基因组模拟测序和组装及其分析 使用 art_illumina 程序,对下载基因组序列进行测序平台 为 Hiseq2000 的全基因组测序模拟。实验结果发现随着测序深度(f) 的增大,覆盖率...
基因组信息学实验
caicaizixuebc的博客
09-09 694
实验一：基因组测序模拟 1.真核基因组数据下载 从Genome子库中下载真菌中的酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）Saccharomyces cerevisiae S288C 分别下载.fna和.gff文件 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/146/045/GCF_000146045.2_R64/GCF_000146045.2_R64_genomic.fna.gz wget https://f.
基因组信息学实验继续学一点吧
caicaizixuebc的博客
09-09 955
实验二：序列组装 1.art illumina模拟双末端测序 短插入片段和长插入片段库： ./art_illumina -ss HS25 -sam -i ./GCF_000146045.2_R64_genomic.fna -p -l 125 -f 10 -m 200 -s 10 -o ./Sc_paired ./art_illumina -ss HS25 -sam -i ./GCF_000146045.2_R64_genomic.fna -p -l 125 -f 10 -m 2500 -s 50 -
【生信】基因组学相关基础知识1
weixin_40695088的博客
02-03 3557
【生信】基因组学相关基础知识1
4D 基因组学综述
02-22
在实验方法上，4D基因组学结合了高通量测序技术、图像分析技术以及计算生物学工具，允许研究人员以高分辨率观察和分析整个基因组在细胞核中的三维结构。这些方法的应用使得研究者能够更好地理解基因组的动态变化，为...
pdom-genome-project:Polistes dominula基因组计划，爱荷华州立大学昆虫社会基因组学实验室与印第安纳大学计算基因组科学实验室的合作
05-19
Polistes dominula基因组项目实验室笔记本丹尼尔·斯坦迪奇沃尔克·布伦德尔艾米·托斯（PI）概述该存储库是Polistes dominula基因组项目的电子实验室笔记本。 在[在此处插入引文]中讨论了该作品的思想重点及其各种...
ReproducibleResearch:带有数据和代码的存储库，可复制在何塞·加拉多博士的遗传学和应用基因组学实验室中进行的研究
04-18
遗传学和应用基因组学实验室致力于推广和使用最佳实践进行可重复的研究。 这一点非常重要，因为已经发现，仅在生物学领域，超过70％的研究人员无法复制其他科学家的发现，大约60％的研究人员无法复制自己的发现（ 。...
2021年秋季学期《基因组学》2020年考题、重点必考内容、复习题.pdf
12-19
选择题部分涉及到基因组学的特点，CpG岛的判断标准等，这些都需要考生深入理解基因组学的基本原理和实验技术。 复习这些内容对于理解基因组学的理论基础、实验技术和数据分析方法至关重要，对于准备期末考试的研究...
生态基因组学
02-21
生态基因组学是生物学的一个交叉领域，它将生态学与基因组学相结合，研究生物体在生态系统中的功能、适应性和相互作用，以及这些特性如何受到其基因组的影响。在这个领域中，科学家们试图理解基因组如何塑造物种在...
CanvasDB:用于分析靶向和全基因组重测序项目的本地数据库基础设施
06-14
画布数据库 用于分析靶向和全基因组重测序项目的本地数据库基础设施 有关如何设置和使用 CanvasDB 的信息，请访问 wiki：
【生信】基因组学相关基础知识2
weixin_40695088的博客
02-03 2578
【生信】基因组学相关基础知识2
药物基因组学_个体化实验分析_实验报告
weixin_46839673的博客
01-02 504
文章目录一、实验目的1、（学会）收集特定癌种特定药物的包含药物响应与否相关的基因表达谱数据（TCGA/GEO）2、（掌握）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类3、（掌握）构建分类器4、（学会）利用构建的分类器实现个体化耐药预测二、实验流程（1）搜集数据【数据使用的是平时研究的癌型】（2）根据响应信息将样本划分为耐药或者敏感两类（3）构建分类器【以下使用的分类器是weka软件中所构建的】①筛选差异基因②构建放入weka软件的训练集和验证集文件③接下来就可以放入weka进行分析\1. 随机森林\2. svm
宏基因组分析步骤Linux,宏基因组--简单流程(代码)
weixin_39633455的博客
05-14 1127
软件1、cutadaptinput=test.fq.gzmkdir -p cutadaptcutadapt_input=$inputcutadapt_out=cutadapt/trimed.fastq.gzinterleaved=--interleavedcutadapt $interleaved -a AGATCGGAAGAGC -A AGATCGGAAGAGC -q 30 -m 20 --tr...
深度学习 + 基因组学：破译人类 30 亿碱基对
weixin_34148456的博客
04-16 1176
自从2013年变分自动编码器（VAEs）被提出，2014年Goodfellow提出生成对抗网络（GANs）起，生成式模型（generative models）深得深度学习研究者的青睐。尤其是当深度学习由于“black box”限制不能充分地推动AI在生物学、基因组学中的发展时，很多学者力求探索生成式模型在其中的应用。 比如，前几日arXiv上一篇来自斯坦...
linux+基因组字符替换,liftover基因组版本直接的coordinate转换
weixin_27051161的博客
05-15 316
下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/使用方法:【从hg38转到hg19】因为主流的基因组版本还是hg19，但是时代在进步，已经有很多信息都是以hg38的形式公布出来的了。比如，我下载了pfam.df这个protein domain注释文件，对人的hg38基因组每个坐标都做了domain注释，数据形式如下：查看文件内容head pfam.hg3...
Nature综述：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析——2万字带你系统入门宏基因组实验和分析
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刘永鑫的博客——宏基因组公众号
09-17 1万+
文章目录NBT：鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析热心肠日报摘要正文图1. 宏基因组分析流程概述附图1. 用于规划宏基因组学研究的示例工作流程附框1. 实验设计中的问题和解决方案鸟枪法宏基因组学研究方案设计样本采集和DNA提取表1. 在测序之前富集微生物细胞和DNA方法的优点和局限性文库制备和测序宏基因组拼接表2. 基于已知成份的模拟群落评估宏基因组拼接表3. 不同环境宏基因组拼接的比较重叠群分箱图...
实验室服务器教程
weixin_43897847的博客
03-30 1316
一、直接用命令行进行操作 1、下载xshell 链接：https://pan.baidu.com/s/17_6SuimmYi1TEvKj-sKERA 提取码：lo64 2、破解xshell 把nslicense.dll覆盖到安装目录下 3、建立新连接 二、在服务器上添加新用户 参考教程：Ubuntu16.04系统中创建新用户_中英法三语的软件工程师的博客-CSDN博客_ubuntu 创建新用户 1、进入root su 可以看到本来是amax默认用户，变成root用户了 2..
基因组组装程序linux,基因组组装----SPAdes(一)
weixin_33606346的博客
05-13 4293
前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不理想，尝试使用另外一个软件SPAdes。该软件目前的版本支持paired-end reads, mate-pairs及unpaired reads。SPAdes一般用于小基因组组装，不适合大型基因组组装(例:哺乳动物)。官方文档可知第一步和第二步耗内存(cpu)，第三步耗磁盘空间(实际是缓存，属于高I/O操作)。fileSPAdes包含几个...
功能基因组学与SNPs在疾病研究中的应用
20世纪的人类基因组计划（HGP）是功能基因组学的基础，它不仅完成了人类基因组的测序，还推动了其他领域的发展，如结构基因组学、功能基因组学和比较基因组学。 结构基因组学主要涉及构建遗传图、物理图和序列图，...
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