生信软件的安装

1.使用conda安装

conda是一种通用包管理系统，有大量的生信分析包，所以先保证安装了conda（https://conda.io/miniconda.html，下载对应的版本，运行bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh，安装完成之后，把安装路径下的bin 文件夹加入到环境变量中。）

conda list # 列出安装的软件包
conda search <package ambigious name> # 搜索需要安装的软件包， 获取其完成名字

conda install samtools

conda install bedtools

 

2.系统包管理器安装

软件安装最方便的、一般也不容易出问题的是利用系统自带的包管理工具，可以解决大部分的依赖问题。
# centos
# 如果长时间没更新， 先运行下update
yum update
# 如果不知道软件具体名字， 可以先用一个关键字search一下, 选择正式的名字
# 需要注意的是一般的服务器都是64 bit， 需要选x86_64版本
yum search soft_name or soft_description
yum search soft_official_name

 

3.下载二进制文件

去软件官网查找最新的分法包，又有两种可能，一种是分法包直接就是编译好的软件，下载下来设置下可执行属性并放入环境变量就可以运行了，如于blast 或bowtie 这样的工具。

另一种则是需要从源码编译安装（configure, make, make install）

• configure 是检查系统的库文件、类文件、依赖软件是否存在以及它们的版本是否满足需求，并根据实际检测结果生
成Makefile 的工具。一般是一堆bash 命令的组合。通常也需要在这一步配置一些参数。最常用的就是指定软件的
安装目录--prefix=/home/ct/soft/specific_name。（./configure --prefix=/home/ct/soft/samtools）
• make 则是具体的编译过程。编译的语句都写在了Makefile 中。make 默认编译Makefile 中出现的第一个target，
也可以指定target 编译，并根据Makefile 的设置方式依次编译所有依赖的东西。

有些软件的安装，在执行完make 后就获得了可执行程序，可以跳过make install 的过程，只需要把可执行程序放
入环境变量就可以运行了。但部分软件还需要一些依赖关系，所以需要执行make install 才算完成了完整的安装。

• make install 通常是拷贝make 编译出来的可执行文件或者依赖的库文件(如果有的话) 到configure 时的--
prefix 指定的目录下。