【生信笔记】R version 3.5及以上安装Bioconductor心得

今天（2019-09-30）重装了最新版本的R和RStudio，版本号分别是R version 3.6.1 ，RStudio-1.2.5001。

本来打算按教程 【R包选择镜像以及本地安装：https://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/53229215】 来安装biocLite.R脚本，但是按旧方法装不上了。

报错信息：

报错信息中提示参考https://bioconductor.org/install/，原来是在R version 3.5及以上安装Bioconductor包的方法改变了。

 

R version 3.5以上Bioconductor安装方法：

1.安装Bioconductor：

这里安装要等比较久

 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
     install.packages("BiocManager")

2.检查是否安装Bioconductor成功：

BiocManager::available()

3.bioconductor选择镜像：

选用中科大镜像

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

4. BiocManager加载库的方法 

library(BiocManager)
BiocManager::install('devtools')

我尝试安装devtools这个包

5. 测试安装包是否加载成功

library(devtools)

加载成功

 

ps：

终于安装上BiocManager了，接着打算学下 【ComplexHeatmap 绘制肿瘤突变分布图：https://www.cnblogs.com/yuwq/p/11504840.html】

 

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旧版本R安装包方法出错参考：

0050-【R系统】-解决bioconductor下载安装问题：https://blog.csdn.net/leadingsci/article/details/80780922

bioconductor安装R包出现连接问题：https://www.jianshu.com/p/5076e8c82bab

R包选择镜像以及本地安装：https://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/53229215

解决新版本R3.6.0不能加载devtools包问题：https://www.cnblogs.com/lynn-home/p/10801221.html