GEO数据上传教程 SuperSeries

需要注册一个NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）账号

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用NCBI账号登入GEO，点击提交数据页面   Submitting data - GEO - NCBI

比如我要上传两个测序数据，分别是WGBS以及RNA-seq，

点击“Submit high-throughput sequencing”

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弹出Submit high-throughput sequencing data to GEO页面

要求提交三种类型文件，

1. a metadata spreadsheet

2. processed data files

3. raw data files

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metadata spreadsheet模板可以在下方下载，一个组学数据填写一个，我有两个组学数据，所以要填写RNA-seq以及WGBS，对应两个xlsx

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processed data就是处理文件

比如RNA-seq为自己分析流程处理得到的rawcount.txt

比如WGBS为自己分析流程处理得到的sample.tab

raw data就是测序文件 sample1_R1.fastq.gz sample1_R2.fastq.gz

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准备好上述文件后，就可以开始上传了，下方用过FTP上传，点击Transfer files

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可以看到个人的上传空间目录为uploads/xxxxxxxx

 点击step2 Transfer files 会显示

可以采用FileZilla上传，这里有个bug，一直没有连上，显示error

debug后，发现要在右边输入uploads/xxxxxxxx，才能进入目录

因为有两个组学数据，我分别建了两个文件夹，WGBS和RNA-seq，

把WGBS的原始数据fastq.gz，以及WGBSprocess数据上传到WGBS文件夹

把RNA-seq的原始数据fastq.gz，以及RNA-seqprocess数据上传到RNA-seq文件夹

当然，最后我没有用FileZilla，因为数据太大，FileZilla只有400-500kb/s,太慢了

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Example Linux/Unix sessions里，提供了很多其他上传方法，我最后采用的是sftp，大概有3M/s，也算是可以接受

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上传完毕后，点击upload metadata，把metadata上传，

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因为我上传的是super series，按照要求

我提交了两次，日期都选在一年后公布，

首先选择WGBS文件夹，提交了WGBS的metadata数据，提交的时候在comment要求定义为一个super系列，并提供了大标题名

然后选择RNA-seq文件夹，提交了RNA-seq的metadata数据，提交的时候在comment要求定义为一个super系列，也提供了大标题名，

最后，

WGBSmetadata里的标题就是xxxxxxxxxx search[WGBS]

RNA-seqmetadata里的标题就是xxxxxxxxxx search[RNA-seq]

大标题就是xxxxxxxxxx search

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最后会显示提交成功，然后大概5个工作日之内可以去查看

就可以查询到了super GEO 以及 两个 sub GEO