CheckV：安装与使用

https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/src/master/#markdown-header-installation

文档推荐conda安装，虽然不太喜欢，还行按文段的来吧

conda create -n checkv
conda activate checkv
conda install -c conda-forge -c bioconda checkv
cd ~/database/checkv
wget -c https://portal.nersc.gov/CheckV/checkv-db-v1.5.tar.gz
tar -xvzf checkv-db-v1.5.tar.gz
cd ~/checkv-db-v1.5/genome_db
diamond makedb --in checkv_reps.faa --db checkv_reps

https://bitbucket.org/berkeleylab/checkv/src/master/README.md

使用和结果解释参照上文

checkv end_to_end contig_vir.fa out_dir -d (数据库完整路径) --remove_tmp -t 180