病毒物种注释：多方案

最新推荐文章于 2024-09-12 11:05:36 发布
最新推荐文章于 2024-09-12 11:05:36 发布
阅读量514 收藏 9
点赞数 10
文章标签： 数据分析
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/136786477
版权

Blastn比对IMG/VR

下载IMG/VR数据库（见下面的教程）

Linux 下载 JGI 的 IMG_VR-CSDN博客

安装Blast+（这个太简单了）

gunzip IMGVR_all_nucleotides-high_confidence.fna.gz
makeblastdb -in img_vr.fasta -dbtype nucl -out img_vr_db
blastn -query query.fasta -db img_vr_db -out results.txt

使用PhaGCN对不确定的序列进行注释

GitHub - KennthShang/PhaGCN: GCN classifier for phage taxanomy classification

在线网站：PhaBOX

使用geNomad进行注释

geNomad uses a dataset of more than 200,000 marker protein profiles to provide functional gene annotation and taxonomic assignment of viral genomes

使用方法见geNomad，DeepVirFinder，VirSorter2，VIBRANT，PPR-Meta，viralVerify安装与使用-CSDN博客

CAAS_IFR_zp
关注
2020.8.28丨转录组、全转录组方案设计和案例解析
08-28 3717
知识点梳理 方案设计 研究背景 本课题组前期工作的 总结，当前研究领域 文章综述，研究的目 的。 前期工作： 种质资源 生理指标 优良性状 相关研究： 查找文献，与高通量测序相关的文献 搜索：物种拉丁名+transcriptome+？ 百度学术http://xueshu.baidu.com/中文、方便、可以迅速 对物种信息、研究背景进行了解 NCBI pubmedhttps://www.ncbi.nl..
宏病毒组（四）|病毒注释软件介绍
bioyigene的博客
12-26 2501
宏病毒组直接以样本中所有病毒的遗传物质为研究对象，快速鉴定样本中所有的病毒组成。测序数据的组装及病毒的分类注释直接影响项目分析结果的准确性。在上篇推文中小编给大家详细介绍了组装软件——Megahit超详细安装及应用教程，接下来给大家介绍2款常见的病毒分类注释软件。
NAR | IMG/VR v4：在广泛的功能、分类学和生态学元数据框架内的未培养病毒基因组扩展数据库...
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-16 644
在广泛的功能、分类学和生态学元数据框架内的未培养病毒基因组扩展数据库IMG/VR v4: an expanded database of uncultivated virus genomes within a framework of extensive functional, taxonomic, and ecological metadataArticle，Nucleic Acids Rese...
Linux 下载 JGI 的 IMG_VR
m0_53945548的博客
03-13 859
点击左上角DOWNLOAD，登录自己的账号，点击使用XML。进入之后，主要看url，你的下载地址。
NAR：查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架IMG/VR v3
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-04 2374
IMG/VR v3：一个用于查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架IMG/VR v3: an integrated ecological and evolutionary framewo...
宏-物种注释
rojyang的博客
07-27 3392
背景： 将预测得到的基因（核酸序列）注释到nr 数库，可以的得到物种注释结果； 存在的问题： 一个基因可能注释到多个物种； 解决 ：寻找最近公共祖先（即如果一个基因注释到多个物种，但是他们有共同的属，那么认为这个基因注释到了属水平） 数据库：taxonomy 附： taxid ： NCBI人为的给自然界所有的物种都给了一个编号，其中人类的编号是9606； taxid的资料还有很多f...
ggtree：系统发育树的可视化和注释
02-05
ggtree是一款基于R语言的库，利用ggplot2的强大图形功能，为系统发育树的可视化和注释提供了高效且灵活的解决方案。本文将深入探讨ggtree的核心功能、使用方法以及其在实际应用中的价值。 首先，ggtree的主要特点...
医学信息学解锁：DNA核苷酸足迹法在冠状病毒研究中
þþ医学信息学解锁19（2020）100358DNA核苷酸足迹法在冠状病毒研究中塞缪尔·克雷姆白金汉布朗尼科尔斯学校，37塞耶路，贝尔蒙特，MA，02478，美国&A R T I C L EI N FO关键词：冠状病毒可视化基因组DNA足迹A B S T...
零拍摄图像分类：基于人类目光的辅助信息和凝视数据
1零镜头图像分类Nour Karessli1星级 Zeynep Akata1，2Bernt Schiele1Andreas Bulling11Max Planck Institute for Informatics2阿姆斯特丹机器学习实验室阿姆斯特丹大学萨尔信息学...，需要由领域专家进行耗时的注释...
"计算机解锁寨卡病毒高免疫原性保守表位
医学信息学解锁24（2021）100613寨卡病毒高免疫原性保守表位的计算机DebasishPaul a，Imdadul Haque Sharif b，Abu Sayem c，Hossain Ahmed d，Md. Abu Saleh e，**，Shafi Mahmude，*a孟加拉国达卡发展替代大学药学...
Bioconductor的注释包未必靠谱
weixin_34004750的博客
06-11 691
Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息，能够根据基因ID对其进行多种来源的注释，比如说基因的别名，基因的功能等。 我之前也写过一篇文章用Bioconductor对基因组注释介绍如何使用AnnotationHub下载注释数据库, 使用select(), mapIds等函数进...
Nature子刊：来自人类肠道菌群的189,680种DNA病毒基因组集
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-27 3077
翻译：周之超@UW-Madison来自人类肠道菌群的 189,680 种 DNA 病毒的宏基因组汇编Metagenomic compendium of 189,680 DNA viruse...
R语言地理加权回归、主成份分析、判别分析等空间异质性数据分析
JWW19903121626的博客
09-12 605
在自然和社会科学领域有大量与地理或空间有关的数据，这一类数据一般具有严重的空间异质性，而通常的统计学方法并不能处理空间异质性，因而对此类型的数据无能为力。以地理加权回归为基础的一系列方法：经典地理加权回归，半参数地理加权回归、多尺度地理加权回归、地理加权主成份分析、地理加权判别分析是处理这类数据的有效模型。6.共线性与变量选择：地理加权回归中的岭回归与Lasso回归。3.广义地理加权回归：链接函数，泊松回归与二项式回归。2.地理加权回归：基本方法与稳健方法，异常值的检验。8.QGIS中的地理加权回归。
NLP(文本处理技术)在数据分析中的应用实例
eeee~~的博客
09-12 1371
在Python中，可以实现多种自然语言处理（NLP）技术。比如文本预处理，情感分析和主题建模等。
Python数据分析与可视化
hong161688的博客
09-12 948
Python数据分析与可视化是数据科学领域中的重要技能之一。通过掌握Pandas、Matplotlib、Seaborn等库的使用方法和数据分析与可视化的流程技巧，我们可以高效地处理和分析数据，并以图形化方式展示分析结果。这将有助于我们更好地理解数据背后的信息和规律，为决策提供支持。在未来的发展中，随着数据量的不断增加和数据分析技术的不断进步，Python数据分析与可视化的应用前景将更加广阔。
Python 数据分析与可视化
vvvae1234的博客
09-11 1204
在数据分析与可视化逐渐成为各行各业核心竞争力的背景下，Python作为一种高效且易于学习的编程语言，将在未来继续蓬勃发展。通过深入学习与掌握Python的数据分析与可视化工具，您将能够更好地挖掘数据价值，做出数据驱动的决策。希望本指南不仅能帮助您掌握Python数据分析的基础技巧，还能激发您深化学习的兴趣。不论是商业分析、科学研究还是学生项目，数据分析与可视化能力都将是您在数据科学领域的重要资产。
5116-微信小程序电影院订票选座系统设计及实现+ssm（源码+数据库+lun文）.zip
最新发布
09-15
本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。
JavaScript 中的 `Array.prototype.filter` 方法全解析
09-15
在 JavaScript 编程中，处理数组是一项基本而重要的任务。数组的过滤操作是其中的一个常见需求，Array.prototype.filter 方法为此提供了强大的支持。本文将深入探讨 Array.prototype.filter 方法的工作原理、使用场景、代码示例以及与其他数组方法的比较。 Array.prototype.filter 是 JavaScript 中处理数组的强大工具，它允许开发者以声明式的方式轻松筛选出符合特定条件的元素。通过结合使用 Array.prototype.filter 和其他数组方法，可以解决各种复杂的数据筛选问题。 通过本文的详细介绍和示例代码，你应该能够掌握 Array.prototype.filter 的工作原理，并能够在实际开发中灵活运用它来处理数组数据。此外，了解其与 Array.prototype.map 和 Array.prototype.reduce 的结合使用，可以帮助你更好地编写高效且易于维护的代码。
5108-微信小程序的书橱+ssm（源码+数据库+lun文）.zip
09-15
本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。本系统主要针对计算机相关专业的正在做毕业设计的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值