生信入门基础知识（生物篇）

组蛋白修饰

一、组蛋白结构

在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。

 

将组蛋白区域放大，我们就会看到这样一串念珠，组蛋白被一根DNA序列串起来。

 

 为了方便研究，我们将一个组蛋白和其附近147bpDNA片段，叫一个核小体，也就是说，核小体＝组蛋白+DNA（147bp）

把组蛋白拆开来，它其实有八个部分来构成：

组蛋白八聚体 = 2个H2B + 2个H2A + 2个H3 + 2个H4

下面是检测到的组蛋白三维结构示意图，

细心的你们一定会发现在每种组蛋白结构都会伸出来一小段“线头”，这是蛋白质的N端，也叫尾巴(tail)

 事实上，每个组蛋白结构都会延伸出这个“尾巴”：

 

 我们今天的主角，组蛋白修饰就是在这个尾巴上进行的。

二、组蛋白修饰的描述规则

这种修饰时一种以共价方式进行的蛋白质翻译后修饰（PTM），包括：甲基化（M），磷酸化（P），乙酰化（A）等等。

由于组蛋白修饰的类型众多，所以我们需要在称呼组蛋白修饰时，有一个规则：

组蛋白结构 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型

在实际的应用中，我们一般这样写：

H3K4me3：代表H3组蛋白的第4位赖氨酸的三甲基化
H3K14ac：代表H3组蛋白的第14位赖氨酸的乙酰

 这些修饰都会影响基因的转录活性。而组蛋白H3是修饰最多的组蛋白。下面我们来详细看看：

三、组蛋白修饰类型

1、组蛋白甲基化

甲基化取决于其位置和状态，与抑制或激活有关。

组蛋白甲基化的位点是赖氨酸和精氨酸。

赖氨酸可以分别被一、二、三甲基化，精氨酸只能被一、二甲基化。

研究表明，组蛋白精氨酸甲基化是一种相对动态的标记，精氨酸甲基化与基因激活相关。

相反，赖氨酸甲基化似乎是基因表达调控中一种较为稳定的标记。

例如，

H3K4 的甲基化与基因激活相关
H3K9，H3K27单甲基化与基因激活有关，三甲基化与基因沉默相关
H3K9，H3K27甲基化会介导异染色质的形成

2、组蛋白乙酰化
组蛋白甲基化和乙酰化主要发生在它们的N-末端尾部并且可以影响基因的转录。

组蛋白乙酰化主要与基因激活有关，组蛋白乙酰化主要发生在H3、H4的N端比较保守的赖氨酸位置上，是由组蛋白乙酰转移酶和组蛋白去乙酰化酶协调进行。

特定基因区域的组蛋白乙酰化和去乙酰化是以一种非随机的、位置特异的方式进行。

乙酰化可能通过对组蛋白电荷以及相互作用蛋白的影响，来调节基因转录。
 

组蛋白修饰	启动子	增强子	激活	抑制
H3K4me1	✓	✓（多数）	✓
H3K4me3	✓		✓
H3K27me1	✓（ 着丝粒异染色质区域 ）		✓
H3K27me3	✓（ 常染色质区域 ）			✓
H3K27ac	✓	✓	✓
H3K9me3	着丝粒异染色质区域
H3K9me2	常染色质区域
H3K9ac	✓		✓
H3K14ac			✓

这些组蛋白修饰也可以共同作用来完成调控，比如，H3K9ac也与H3K14ac和H3K4me3高度共存共同作为活性基因启动子的标志

3、其他组蛋白修饰

四、怎么检测组蛋白修饰

一般我们使用 ChIPseq 来对样本测序，以此来拿到全基因组上的组蛋白修饰图谱。

点击传送门：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/279354841

五、DNA甲基化、乙酰化

      DNA甲基化是一种重要的生物分子修饰方式，其过程是在DNA分子中加入甲基（CH3）基团。这些甲基基团通常被添加到带有胞嘧啶（C）的胞嘧啶-鸟嘌呤（CpG）二核苷酸上。这种修饰方式被认为是一种基本的表观遗传机制，可以影响基因表达和遗传稳定性。

       DNA甲基化是一种可逆的修饰方式，即甲基基团可以被去除。这个过程由DNA甲基转移酶（DNMT）和DNA脱甲基化酶（TDG）等酶类调节。DNA甲基化是许多生物过程的重要组成部分，包括胚胎发育、物种进化和植物与环境中的互动等。

       DNA甲基化的异常与许多肿瘤有关。例如，某些癌症种类中的DNA甲基化过程会发生异常，导致基因表达失控，从而增加了癌症发生的风险。研究DNA甲基化的机制和调控有助于加深对生物学过程的理解，并有望为人类疾病的治疗和预防提供新的方法。

        DNA乙酰化是一种重要的表观遗传学修饰，是通过添加乙酰化基团（CH3CO-）在DNA分子中的特定碱基上实现的。这种修饰通常发生在DNA的胞嘧啶（C）上，形成5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC）。同时，还可能出现其他形式的DNA乙酰化修饰，例如N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenine，6mA）和N4-乙酰化腺嘌呤（N4-acetylcytosine，acC）等。DNA乙酰化在调控基因表达、维持细胞分化、生殖和胚胎发育等方面发挥着重要作用。