Seurat找到差异基因后筛选Top10的基因

18kkk

于 2023-05-27 15:40:30 发布

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分类专栏：基础函数 R语言文章标签： r语言生物信息学学习

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/130902109

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该文描述了一种按logfc大小对每个cluster筛选差异基因的方法。使用dplyr包对数据进行处理，首先按cluster分组，然后按照avg_log2FC降序排列，以获取每个组别的top10显著基因。

摘要由CSDN通过智能技术生成

通常情况下，我们按照logfc从大到小筛选每个cluster的top10差异基因

deg1就是findallmarkers的输出结果，改成自己的就好

deg1 %>%
  group_by(cluster) %>% #按照clusetr分类
  # top_n(n = 10, wt = avg_log2FC) %>% #按照log2fc取前十
  dplyr::arrange(desc(avg_log2FC))%>%
  dplyr::arrange(cluster)-> top10 #按照log2fc降序

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