专栏二:单细胞空间转录组pseudobulk的使用及代码

本文介绍了如何对单细胞空间转录组数据进行pseudobulk处理,并强调了在空间转录组分析中应使用CPM而非TPM、FPKM等方法进行标准化。通过分享相关代码示例,展示了如何基于count数据进行加总以及后续处理。文章引用了心脏研究的Nature文章,推荐使用`cpmnorm`函数进行合适的标准化。
摘要由CSDN通过智能技术生成

代码一:基于count数据的加和

library(Seurat)
library(Matrix)
library(tidyverse)



#Create pseudo-bulk counts file
#obj是seurat对象
#projid是想要分组的对象 比如可以是celltype,这样得到的就是以celltype为结果的pseudobulk
pseudobulk <- function(obj){
  matrix <- GetAssayData(obj, slot="counts")
  df <- data.frame(rownames(matrix))
  samples <- as.character(unique(obj@meta.data$projid))
  for (i in samples){
    matrix <- GetAssayData(subset(obj, subset = projid == i), slot="counts")
    bulk <- data.frame(Matrix::rowSums(matrix))
    df[as.character(i)] <- bulk[1]
    
  }
  df <- data.frame(df, row.names = 1)
  names(df) <- sub("^X","",names(df)) 
  return(df)
  write.csv(df, "bulk.csv")
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