lammps复杂形状建模案例——胶囊粒子分子模型

前几天小编在一篇论文中看到有团队制备出了胶囊状的纳米颗粒，类似于上图的这种胶囊状。

本文是小编根据自己的理解，将介绍一种胶囊粒子分子模型的lammps建立过程，本教程适合于新手，同时希望专业前辈提出不足。

    如下图为本文建立的胶囊结构模型。

（这里以Cu原子为例,读者可自定义原子）

01

基本思路

首先我们要理清建立胶囊结构的基本思路，在前文已经讲解过建立模型的基本思路，本文采用region\create_atoms命令创建胶囊模型的思路为：需要创建三个区域

1.上半球区域

2.圆柱区域

3.下半球区域

02

完整代码

完整in文件如下：

• #胶囊核壳粒子建模过程
  #模型基本参数-------------------------------------------
  units metal #原子模型：金属原子模型
  boundary p p p #边界条件,周期性边界
  atom_style atomic #原子类型
  #生成方形区域------------------------------------------
  region box block -40 40 -40 40 -80 80  #创建方形区域
  create_box 1 box#生成盒子，2种原子
  #创建圆柱区域-----------------------------------------
  region cylinder1_out cylinder z 0 0 40 -40 40 side out units box   #圆柱外侧
  region cylinder2_out cylinder z 0 0 40 -40 40 units box            #圆柱内侧
  
  #创建半球区域------------------------------------
  region ball1_out sphere 0 0 40 40 units box
  region ball2_out sphere 0 0 -40 40 units box
  region banqiu1_out intersect 2 ball1_out cylinder1_out #上半球
  region banqiu2_out intersect 2 ball2_out cylinder1_out #下半球
  
  #在外层填充1原子---------------------------------
  lattice fcc 3.62 #晶格参数设置
  create_atoms 1 region banqiu1_out #上半球填充1原子
  create_atoms 1 region banqiu2_out #下半球填充1原子
  create_atoms 1 region cylinder2_out #圆柱填充1原子
  
  #设置原子质量---------------
  mass 1 64 #1原子质量
  
  #保存文件---------------------
  write_data jiaonang.data
  #end---------------------

in文件文本如下：


#胶囊核壳粒子建模过程#模型基本参数-------------------------------------------units metal #原子模型：金属原子模型boundary p p p #边界条件,周期性边界atom_style atomic #原子类型#生成方形区域------------------------------------------region box block -40 40 -40 40 -80 80  #创建方形区域create_box 1 box#生成盒子，2种原子#创建圆柱区域-----------------------------------------region cylinder1_out cylinder z 0 0 40 -40 40 side out units box   #圆柱外侧region cylinder2_out cylinder z 0 0 40 -40 40 units box            #圆柱内侧
#创建半球区域------------------------------------region ball1_out sphere 0 0 40 40 units boxregion ball2_out sphere 0 0 -40 40 units boxregion banqiu1_out intersect 2 ball1_out cylinder1_out #上半球region banqiu2_out intersect 2 ball2_out cylinder1_out #下半球
#在外层填充1原子---------------------------------lattice fcc 3.62 #晶格参数设置create_atoms 1 region banqiu1_out #上半球填充1原子create_atoms 1 region banqiu2_out #下半球填充1原子create_atoms 1 region cylinder2_out #圆柱填充1原子
#设置原子质量---------------mass 1 64 #1原子质量
#保存文件---------------------write_data jiaonang.data#end---------------------

03

运行结果

    接着，在cmd窗口运行in文件，将生成的data文件拖到OVITO软件中，就产生了如下模型：

总结

   这种建模方法通过分段的思路建立胶囊结构模型，方法较为简单。

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