Ubuntu中编译使用ANTs（医学图像配准）含github无法访问问题解决

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第一步、修改hosts文件

1.打开https://github.com.ipaddress.com/ 

2.打开https://fastly.net.ipaddress.com/github.global.ssl.fastly.net#ipinfo

3.打开hosts文件，并在文件末尾添加如下内容

 第二步、编译ANTs

1）首先安装git、cmake以及c++编译器

2）编译

3）配置bin目录，如果没有bin目录，就创建一个bin目录

4）配置环境变量

第三步、使用ANTs

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第一步、修改hosts文件

1.打开https://github.com.ipaddress.com/ 

向下拉动，找到如下页面，记住IP地址

2.打开https://fastly.net.ipaddress.com/github.global.ssl.fastly.net#ipinfo

向下拉动，找到如下页面，记住IP地址

3.打开hosts文件，并在文件末尾添加如下内容

使用命令sudo nano /etc/hosts，如没有nano可用命令sudo apt install nano安装

140.82.112.3 github.com
151.101.1.6 github.global.ssl.fastly.net
151.101.65.6 github.global.ssl.fastly.net
151.101.129.6 github.global.ssl.fastly.net
151.101.193.6 github.global.ssl.fastly.net

ctrl + o 写入保存，enter 确认，ctrl + x 退出

网址最好用https打头，不要改为git打头

 第二步、编译ANTs

1）首先安装git、cmake以及c++编译器

sudo apt install git
sudo apt install cmake-curses-gui
sudo apt install build-essential

// 安装完之后进行更新
sudo apt update

2）编译

//这里文件保存在ANTs
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git  //如果已经下载了ANTs文件，这一步可以忽略
mkdir antsbin        //跟ANTs在同一级目录
cd antsbin
ccmake ../ANTs       //配置ANTs，进入cmake界面，按下C键，等待加载完成再按下C键，G键
make -j 4          //编译，4是指定线程，如果Ubuntu编译过程出现卡退就降低并行线程数，2或1都行

3）配置bin目录，如果没有bin目录，就创建一个bin目录

mkdir bin     //在antsbin目录下创建bin
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin     //将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
cp ./staging/bin/* ./bin          //将staging/bin下的文件复制到bin目录中
cp ../ANTs/Scripts/* ./bin       //将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中

4）配置环境变量

cd ~       //回到主目录
nano ~/.bashrc      //使用nano编译，插入如下内容
export ANTSPATH=/home/.../antsbin/bin/      //注意这里添加你的antsbin/bin的根目录
export PATH="$ANTSPATH:$PATH"
source ~/.bashrc       //激活环境

第三步、使用ANTs

nano ~/.bashrc    //打开文件，在末尾添加如下内容
export PATH=$PATH:/home/.../ANTs/Scripts       //这里添加你的ANTs源文件文件下Scripts的根目录
// ctrl + o 写入保存，enter 确认，ctrl + x 退出
source ~/.bashrc

 配置好之后即可进行配准，输入如下命令

//这里我用常用的SyN进行示范
antsRegistrationSyN.sh -d 2 -f fixed.jpg -m moving.jpg -o output
//注意这里图片的路径要使用你的图片的具体路径

也可直接输入antsRegistrationSyN.sh查看具体使用说明