P value校正思想与实现

最新推荐文章于 2022-03-04 19:50:25 发布
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分类专栏： 统计检验
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本文链接：https://blog.csdn.net/maryyu8873/article/details/104824314
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本文探讨了在统计分析中对P值进行校正的重要性，以减少假阳性结果的出现。介绍了Bonferroni correction、Benjamini & Hochberg (FDR)等多种校正方法，并简要提及了P值校正的实现过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1. 为什么要对P-value进行校正

两两对比做多了，不做校正的话，会获得很多假阳性结论。具体点这里

2. 有哪些校正方法

常用的P-value校正方法包括：Bonferroni correction, Benjamini & Hochberg (FDR), Hommel, Benjamini & Yekutieli等。

3. P-value 校正的实现

这里介绍得很好

Input = ("
Food               Raw.p
Blue_fish         .34
Bread             .594
Butter            .212
Carbohydrates     .384
Cereals_and_pasta .074
Dairy_products    .94
Eggs              .275
Fats              .696
Fruit             .269
Legumes           .341
Nuts              .06
Olive_oil         .008
Potatoes          .569
Processed_meat    .986
Proteins           .042
Red_meat           .251
Semi-skimmed_milk  .942
Skimmed_milk       .222
Sweets             .762
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python中p-value的实现方式
09-18
p-value越小，表明数据与原假设之间的矛盾越大，因此拒绝原假设的可能性就越大。在Python中，我们可以使用`scipy.stats`库来计算p-value。 在给定的例子中，我们看到计算p-value的过程分为以下几个步骤： 1. 首先...
p-value矫正方法
XIAOFEI@IDO
11-04 1万+
几个同义词概念 p-value：常用的统计学显著性检验指标，衡量一次检验假阳性率的指标（False positive rate） ； Q value：调整后p-value，衡量错误发现率的指标（False discovery rate，简称FDR）。即使用Q value的这个参 数预估FDR。 adjust p-value：调整后p-value值 通常情况下，我们可以认为Q value = FDR = adjusted p value; 实际上，还是要依据具体的数据分析方案定义 Adjust p-val
多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正及Bonferroni
数据矿工的博客
11-19 1万+
    数据分析中常碰见多重检验问题 (multiple testing).Benjamini于1995年提出一种方法,通过控制FDR(False Discovery Rate)来决定P值的域值. 假设你挑选了R个差异表达的基因，其中有S个是真正有差异表达的，另外有V个其实是没有差异表达的，是假阳性的.实践中希望错误比例Q＝V/R平均而言不能超过某个预先设定的值（比如0.05），在统计学上，这也就...
【基础概念】P-values的解释
weixin_43615654的博客
12-24 4688
无授权，自留，侵删：P-values Explained By Data Scientist 四个部分： Hypothesis Testing Normal Distribution What is P-value? Statistical Significance 1.Hypothesis Testing 首先了解一下hypothesis testing ，在这里， p-value 被用来...
P值(P-value)，“差异具有显著性”和“具有显著差异”
weixin_34242819的博客
08-04 7159
郑冰刚提到P值，说P值的定义（着重号是笔者加的，英文是从WikiPedia摘来的）： P值就是当原假设为真时，比所得到的样本观察结果更极端的结果出现的概率。 The P-value is the probability of obtaining a result at least as extreme as the one that was actually observed, given...
总被审稿人提起的多重假设检验校正是什么？
悟道西方
08-24 3349
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流...
【R语言-P值校正(BH)】
^_^
03-04 9910
1.需要校正p_value的原因 我粗浅的理解就是，因为样本量过大，即使是很小的一个p值（即出错的可能），也会有很多的假阳性出现，所以需要通过矫正来减小假阳性率。我就简单介绍其中一种：多重检验校正方法(BH法)，在R里边，有一个自带的包stats中的p.adjust函数。 2.R中的实现 例子： > # demo > p <- c(0.03,0.051,0.016,0.123) > p_adj <- round(p.adjust(p,"BH"),3) > p_adj [1
Grafana 变量 KeyValue 形式实现.md
10-08
Grafna Dashboard 中，... 常规实现没有问题，但对于下拉列表，最终用户一般要求看到的是 text 字段不是 value 字段，查询时则必须按 value 字段 这个问题，在Grafana 中有实现但需要进行设置 本方案解决上述的问题
C++ map 根据value找key的实现
12-23
flyfish 测试所需头文件 #include #include #include #include 初始 std::map<int> t;... t.insert(std::make_pair(1, "a"));... t.insert(std::make_pair(2, "b"));...根据key 找 value std::string s = "
python 相关性fdr矫正_【统计】对P值进行FDR校正的原理（附代码演示）
weixin_39950764的博客
12-23 4458
【统计】对P值进行FDR校正的原理(附代码演示)2018-09-15做了多年的生物信息处理，和统计显著已经打过很多交道。然而限于生物出身背景，对于统计知识了解不是很深刻。细细想来，每次对外说出各种检验方式的名称(通常都是以人名命名的那种)，自己却鲜有细细了解到底这些检验的原理以及具体操作过程。近日听了一场答辩，评委问道：“为何不做p值校正？”。闻后心里一惊，因为自己并不清楚校正的原理，如果自己遇到...
p值 统计学意义_统计学意义不重要为什么p值不应过高
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p值 统计学意义Have you ever heard somebody say that a study revealed „significant results“? What does that even mean? Let me introduce you to a practice in the scientific industry that is deeply debated and...
p值校正，FDR（BH法）的实现过程
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weixin_42480153的博客
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原理：我们要看下最常用的BH法的论文 做m次无效假设作物的数量 那么，被错误地拒绝了的无效假设的比例Q=V/(V+S)=V/R 所谓的FDR值就是Q的期望值，E（Q）=E（V/R） 如果无效假设是正确的（s=0且v=r），FDR值就和FWER（familywise error rate）一样，假设v=0(结合s=0,就是说假设结果一次错误都没有出),Q就为0；如果v>0(出...
p-value&FPR以及q-value&FDR
sixu_9days的博客
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在测序数据中，我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中，也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么，FDR校正的原理又是什么呢？ 首先我们来看P-value的定义：在假设检验中，当原假设（H0）为真时，所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。 如果P-value很小，说明原假设为真时，这个数据甚至更极端的数据出现的概率很小；而当P-val
多重检验中的FDR错误控制方法与p-value的校正及Bonferroni校正
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小孩都看得懂的 p-value
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全文共2071字，3幅图，预计阅读时间6分钟。本文是「小孩都看得懂」系列的第九篇，本系列的特点是极少公式，没有代码，只有图画，只有故事。内容不长，碎片时间完全可以看完，但我背后...
假设检验初步 [胡江堂]
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假设检验初步 准备再尝试一下，用大白话叙述一遍统计推断中最基础的东西（假设检验、P值、……），算是把这段时间的阅读和思考做个梳理（东西不难，思考侧重在如何表述和展示）。这次打算用一种“迂回的”表达方式，比如，本文从我们的日常逻辑推理开始说起。 0.普通逻辑 复习一下普通逻辑的基本思路。假设以下陈述为真： 你打了某种疫苗P，就不会得某种流行病Q。 我们把这个先决条件表述如下
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Christina
08-01 3万+
1.利用p.adjust函数 data&lt;-c(0.05,0.90,0.89……) p.adjust(data,method="fdr,n=length(data)) 这里data大小应该给从小到大排列，否则校正出的p值有很多相同的值 解决这一问题的办法是利用R的软件包，即第二种方法 2.install.packages("fdrtool") data&lt;-c(0.05,0.9...
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1、p-value 单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p-value和预先设定的检验水准 α 做对比，如果p-value小于等于α，拒绝原假设，否则不拒绝原假设。 p-value：表征了在原假设成立的条件下，重复进行当前的试验，获得现有统计量t及其更极端情况的概率。 给定检验水准 α 时，可得出对应的拒绝域；根据当前试验，可以计算出 p-val...
python实现p_value
最新发布
10-04
在统计学中，p-value是用来衡量一个观察到的统计量与假设检验中的原假设相符合的程度。在Python中，我们可以通过使用相应的统计库来计算p-value。 常用的统计库包括SciPy和StatsModels。下面是一个使用SciPy库实现p...
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