ReverseDock：基于分子对接的反向找靶

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ReverseDock：基于分子对接的反向找靶

先前我们介绍过一款基于药效团的反向找靶工具：

基于药效团的反向找靶工具

本期将介绍另一款基于分子对接的反向找靶工具——ReverseDock

网址：https://reversedock.biologie.uni-freiburg.de/

1. 上传ligand

 

 

进入 Submit 页面，选择拟用于对接的配体文件（需为.mol2 格式）。完成选择后，点击 “Next”，进入目标蛋白选择环节。

2. 上传筛选的靶点数据

在此步骤，存在两种选择路径。其一，可上传最多 100 个目标蛋白，要求每个蛋白文件小于 1000 个氨基酸；其二，提交最多 100 个 UniProt ids，用于 AlphaFold 预测，同样限制每条序列不超过 1000 个氨基酸。

 

上传pdb文件（最多100个）

上传最多 100 个以.pdb 格式存储的目标蛋白文件，每个文件对应的蛋白序列需小于 1000 个氨基酸。

这一步它会自动对蛋白文件进行预处理：

①清除 DNA/RNA；

②应用 PDBFixer 处理：添加缺失残基；替换非标准残基；移除杂原子（包括水）；添加缺失重原子

③使用 pdb2pqr 进行质子化处理

 

或者选择alphafold模式并输入uniprot id

提交最多 100 个 UniProt ids 进行 AlphaFold 预测，只有氨基酸数量少于 1000 的序列可用于对接。

目前，reverse dock 工具仅支持以下几个物种中的alphafold预测的蛋白：

• 人类（Homo sapiens）

• 大肠杆菌（Escherichia coli strain K12）

• 小鼠（Mus musculus）

• 果蝇（Drosophila melanogaster）

• 线虫（Caenorhabditis elegans）

• 拟南芥（Arabidopsis thaliana）

• 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）

• 挪威大鼠（Rattus norvegicus）

 

3. 提交任务

提交过程中，可选择填写邮箱地址（非必须），以便任务完成时接收通知，及时获取结果信息。

 

4. 查看任务状态

提交成功后，系统会自动跳转至任务状态页面。在此，可实时掌握任务进度，一旦结果生成，便能第一时间查看。任务运行期间，也可随时回顾进度、浏览中间结果。

 

为便于后续查看，建议将该页面添加至书签收藏。

 

5. 查看与下载结果

对接结果以表格形式呈现，包含文件名及计算所得的结合能数据。若需更直观地观察结果，点击小眼睛图标，即可进行 3D 可视化展示。

 

在分子查看器中，点击 “Screenshot” 按钮，可将可视化状态保存为图片。

 

此外，点击对应图标，能够下载每次运行的对接结果，其中涵盖排名前五的对接构象（查看器中仅展示最优构象）及目标蛋白文件。