薛定谔 | 分子对接及基于受体的虚拟筛选

1.准备受体

最好直接从File >> Get PDB输入PDB ID获取。因为原始pdb文件保留了蛋白完整序列信息，这样在准备蛋白时薛定谔可以自动补全缺失残基。

选择Protein Preparation模块。按照下图操作：

在正常准备蛋白的步骤中弹出了蛋白质中一些位置可变的残基（如下图所示），选中任意一种残基，点击next position会展现出这个残基可能的其他构象，点击commit即选定这个位置，表格中的数字表示这种位置的残基可能的概率大小，当所有残基都commit后，再点击update，将选定的这一组氨基酸的定位给固定下来（当然每个残基要选哪一个残基要靠自己的判断进行适当的取舍，对于不在活性口袋的可变残基可忽略其可变的位置。）

2. 生成受体分子格点文件

选择receptor grid generation模块。鼠标点击蛋白-配体复合物中的配体分子即可生成下图所示的格点盒子。

• 选小配体分子时，需要在显示视图中选中ligand,要让其出现格子才算选上。
• 在site项中设定盒子中心，在高级选项中可以调整小盒子的大小。
• 点击对话框页面下方的文件名右边的小齿轮图标，可以设置生成格点文件的存放路径。
• Constraintstab栏项：可以添加一些原子或残基，在对接过程中他们的位置不会变。
• Rotatable Groupstab栏项：系统会列出可以旋转的残基以及他们可旋转的键，感觉作用不大，基本不会用上。
• Exclusive Volumestab栏项：可以选中一些原子或残基，系统会认定这些选中的基团周围的球状体积都是不能被配体分子占据的。

3. 准备配体

选择LigPrep模块

4. Docking

选择Ligand-docking模块

5.查看结果

在右上角table中查看打分结果，分数越负对接效果越好。