药效团的构建无非两种情况:
- 1、基于配体小分子结构
- 2、基于受体-配体相互作用【自动(能量优化)/手动选择药效特征元素】
1. 基于配体小分子药效团构建
- 导入
*sdf
配体集,用ligprep
模块对小分子处理; - 在table面板中加入小分子活性数据;
- 选择
Develop Pharmacophore Hypothesis
模块
在左侧需要提前选中所有的配体分子
上图中Pharmacophore method部分有两个选项,第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合,这种情况下默认是没有进行构象搜索,因此当选中第一个后,页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的,因此它们就不能再进行构象搜索,否则会对预先叠合结果产生影响,因此当选中第二个选项后,页面下方产生构象的选项就无法勾选。
点击上图中的
Define...
点击
Hypothesis Settings...
点击
Options...
,设置每个配体分子产生构象个数。
2. 基于受体-配体相互作用
基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似,但需要对复合物进行预处理。
- 如果在Method部分勾选了
Manual
,则需要在Choose features部分勾选你认为合理的药效团特征。如果在Method部分勾选了Auto(E-Pharmacophore)
,那么药效特征元素的选择则由程序代劳。- 点击
Hypothesis Settings...