收藏！使用FoldX对蛋白复合物接触界面的残基“扫描突变”

今天向大家介绍一款名为FoldX的学术免费软件，在它众多功能中，氨基酸扫描突变我认为是最实用的，今天向大家简单介绍一下。

软件下载地址：www.foldxsuite.crg.eu

我们以新冠病毒RBD蛋白和ACE2复合物为研究对象（PDB ID: 7kmb)。

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找到RBD与ACE2结合面上的残基   

这里用pymol打开:（蓝色为ACE2，绿色为RBD）

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展示出RBD蛋白在接触面上的残基   

在pymol自带的命令窗口中输入：

create pocket, byres RBD within 5 of ACE2

命令含义：找出ACE2周围距离5A的RBD上的残基。输入好后然后敲回车键，随后右上角会出现pocket条目。

把pocket条目以sticks的形式呈现：（如下图）

比如我随便选中一个残基：即489位酪氨酸（Y）

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对Y489进行突变    

①、正确安装好FoldX(安装过程十分简单，我会放在末尾说）；

②、建立工作文件夹。以我为例，我的工作文件夹设在 F:\mutation；

③、将rotabase.txt文件及要处理的pdb文件都放在该工作目录下；

④、打开咱们ubuntu风格的命令窗口，在linux子系统的环境下定位到工作目录，输入以下命令：

FoldX --command=PositionScan --pdb=7kmb.pdb --positions=YG489a

命令讲解：

①7kmb.pdb 是要突变的蛋白文件；

②YG489a Y是要突变的残基简称，G是突变残基所在的链名，489是残基的编号，a是"all"的简写，意味突变成其他所有的20种常见氨基酸残基。

该位置除了可以是a外还可以为：d 、h、c等：

• d表示24种氨基酸残基，除了20种常见残基外，外加磷酸化的酪氨酸、苏氨酸、丝氨酸、以及羟脯氨酸；

• h表示{"GLY", "ALA", "LEU", "VAL", "ILE","THR", "SER", "CYS", "MET", "LYS", "TRP", "TYR", "PHE", "HIS"}；

• c表示{"ARG", "LYS", "GLU", "ASP", "HIS"}

• p表示{"ARG", "LYS", "GLU", "ASP", "HIS", "TRP", "TYR","THR", "SER", "GLN", "ASN"}

运行结束后，在工作目录中会生成突变的所有pdb文件，以及一个包含每一种突变情况的自由能的txt文件。

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以上是软件的使用部分，下面我就说说软件的配置。FoldX是一款学术免费的软件，支持Windows、Linux、Macos。我试着下载过windows版本，总是闪退，不知什么原因，无奈只能装了Linux版本的（有子系统还算方便些）。

下载好后，有一个名为foldx的文件，什么后缀也没有，此外还有一个名为rotabase.txt的文件（这个文件要保存好，运行软件时它要放在工作目录下）。打开命令窗口，进入ubuntu环境，再定位到foldx存在的目录，输入以下命令即可：

sudo cp foldx /usr/local/bin/.

然后输入下面的语句以验证是否成功安装：

FoldX --help或者foldx --help

如果像下面图片所示，即证明安装成功：