通过blast结果选择完全overlap的序列

最新推荐文章于 2023-10-30 20:08:07 发布
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分类专栏： 生物信息 python 文章标签： 基因组-生物信息学 python
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根据blast结果选择完全overlap的序列，此时没有考虑identity的高低

Query	Target	overlap_length	identity	Query_length	Target_length	Percent	Q_start	Q_end	T_start	T_end	strand
UN065663	maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN149109-augustus-gene-0.4-mRNA-1	225	97.8%	697	225	32.3%	285	566	0	225	-
UN065663	maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN133597-augustus-gene-0.4-mRNA-1	225	97.8%	697	225	32.3%	285	566	0	225	-
UN065663	maker-lcl|TGACv1_scaffold_643943_U_UN130225-augustus-gene-0.4-mRNA-1	225	97.8%	697	225	32.3%	285	566	0	225
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生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明_生物信息学blast
04-16 938
Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。这里使用linux版本，直接下载二进制的程序，注意如有报错，请按报错配置好gcc等依赖环境即可（一般是gcc版本问题）。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的序列进行比对，输出比对结果。
blast序列比对
qq_29423387的博客
07-15 5555
第一：先用fasta文件生成蛋白质对比的数据库 根目录： zhang@zhang:/var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/bin$ 命令： formatdb -i /var/www/cgi-bin/blast-2.2.26/fasta/T1SE_All.fasta -p T -o T 注释： p :T 表示蛋白质序列 F 表示核苷酸序列 o : T 表示输出库（默认...
序列比对-BLAST
wangprince2017
05-19 2万+
一.BWA BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。由三种类似算法组成： BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。 三种算法的使用范围 BWA-back...
生信软件 | Blast (序列比对)
Baimoc
04-16 2305
第二章 序列比对——Blast局部比对
wangprince2017
01-14 3862
第二章 序列比对——Blast局部比对 阅读量：330 主要为基因组测序比对相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。最后修改时间：2020-04-16 16:18:55 星期四 Blast局部比对流程 一、Filtering 【目的】 防止由于低复杂度和重复片段存在，而产生大量有统计学意义，但无生物学实际意义的比对结果 低复杂度和重复片段： {\left( {CA} \right)_n}(CA)n​ KLKLKLKLKLKL 【方法..
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解.pdf
10-30
NCBI 在线 BLAST 使用方法与结果详解 NCBI 在线 BLAST 是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进行...通过了解 BLAST 的使用方法和结果的解释，可以更好地应用 BLAST 工具来进行序列相似性分析，提高研究效率和准确性。
blast序列比对软件v2.2.25.rar
09-02
Blast v2.2.25是一款本地序列对比软件，能够在不接入互联网的环境下，将待比对的序列与本地数据库中的序列进行比对，主要用于核酸和蛋白等序列对比。使用方法，解压后再使用。它包含以下应用程序：bl2seq....
BLAST相似序列的数据库搜索.pdf
10-05
总之，通过这个实习，学生掌握了使用BLAST工具在NCBI数据库中进行序列比对的基本技能，理解了不同类型的BLAST程序的用途和特点，以及如何通过调整参数来优化搜索结果。这对于生物学研究，特别是基因功能鉴定、进化...
Blast序列比对与利用mega构建进化树
04-08
Blast会返回最佳匹配的序列列表，展示比对结果，包括查询序列与目标序列的相似度、匹配区域以及保守功能区域。 完成Blast比对后，我们可以下载比对结果中感兴趣的序列，以进行后续分析。例如，如果我们对比对了7个...
生物信息学分析-blast序列比对及结果详细说明
最新发布
zrc_xiaoguo的博客
10-30 5034
Blast是一种基于序列比对的分析工具，可以用于寻找生物序列之间的同源性，它的全称是Basic Local Alignment Search Tool。Blast有多种版本和用途，最常见的是基于Web的Blast和本地安装的Blast程序。Web版Blast可以直接在NCBI网站上使用，而本地安装的Blast程序需要下载和安装在计算机上。Blast的使用流程一般为输入一个查询序列，与数据库中的序列进行比对，输出比对结果。
本地化BLAST+进行目标序列比对
Charlotte的博客
07-01 4554
一、在NCBI 中搜索BLAST 点击这个，然后 来到这个页面，再点 来到了这个下载页面，选择合适的，开始下载 二、开始安装 建议不要安装在C盘。 安装结束后，然后设置环境变量，在path后，添加一句：D:\blast-2.12.0+\bin 然后打开cmd，输入blastn,出现下图所示，就证明按照成功。 ...
已知信码序列为1011_从零开始生物信息学(4):序列比对-Blast算法简介
weixin_39576294的博客
12-21 1102
前言Blast算法的全称是(Basic Local Alignment Search Tool)，中文叫做基本局部相似性比对搜索工具，在1990年由Altschul等人提出的双序列局部比对算法，是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。Blast程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对相似性的统计说明。还有，Blast算法是一种启发式的算法。为什么需...
生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介
baidu_41860619的博客
06-20 1万+
1. BLAST算法简介 动态规划算法如生物信息学（1）与生物信息学（2）两篇提到的NW与SW算法肯定能得到最优解（最优分为全局最优与局部最优），但是要计算一个庞大的得分矩阵。随着序列的增长，复杂度会平方级别的升高。因此，时间开销和空间开销就会很大。动态规划需要计算出(seq1+1)×(seq2+1)大小的矩阵，但绝大多数数字其实在回溯时是没有用到的，如果能够只计算最终回溯路径附近的一些单元的话，与整个矩阵全部算完，效果近似。 从一个局部来启发，找到一个方法贴近回溯路径，即找到大概会在什么地方匹配，然后顺着
「JCVI」如何筛选得到最优blast比对结果？
陈有朴的博客
07-18 2023
JCVI格式处理模块的使用
这可能是最全最好的BLAST教程
xuzhougeng blog
09-02 6402
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 B...
blastall的使用方法，以及输出文件的格式记录
GRC
01-07 1万+
用blastall进行序列比对      blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是
blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对
weixin_34032792的博客
03-19 3955
之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时，需要指定out format。 常见的网页版blast结果可以参照：Blast结果的详细解析 *** Formatting options -outfmt <String> alignm...
生物序列局部比对之Blast算法
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huangliangbo的专栏
11-06 2万+
生物序列局部比对之Blast算法 (2012-05-26 22:01:38) 转载▼ 标签： 杂     算法基本原理 Blast算法是1990年由Altschul等人提出的两序列局部比对算法，采用了一种短片段匹配算法和一种有效的统计模型来找出目的序列和数据库之间的最佳局部比对效果。Blast算法是一种基于局部序列比对的序列比对算法。广泛
blast 索引转序列
09-26
Blast是一种常用的生物信息学工具，用于比对DNA或蛋白质序列来寻找相似性。而索引转序列是指根据Blast结果中的索引信息，从数据库中提取相应的序列。 具体步骤如下： 1. 准备输入文件：首先，我们需要准备一个包含Blast结果的文件，该文件通常被称为Blast输出文件或报告文件。该文件包含了与我们查询序列相似的序列的索引信息。 2. 解析Blast输出文件：我们需要将Blast输出文件解析为可操作的数据结构，以便能够提取索引信息。这可以通过编程语言如Python或Perl来完成。 3. 提取索引信息：一旦我们将Blast结果文件解析为可操作的数据结构，我们就可以提取出与查询序列相似的序列的索引信息。这些索引信息可以包括数据库中序列的唯一标识符或位置信息。 4. 查询数据库：接下来，我们使用提取的索引信息来查询包含原始序列的数据库。数据库可以是NCBI GenBank、UniProt等公共数据库，或者是自己建立的本地数据库。 5. 转换为序列：一旦我们从数据库中获取到相应的序列，我们将其转换为序列格式（如FASTA格式）或其他我们需要的格式，以便进一步分析或使用。 索引转序列是一个很有用的功能，它使我们能够根据Blast结果快速获取到与查询序列相似的序列。这对于进一步研究或分析所查询的序列的功能和特性非常有帮助。

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