VMD + TCL 渲染

• 小结

在一个项目中用到了vmd ，这个工具功能很强大，可以把模拟一些分子的运动轨迹。 开源的 openm 是个很好的工具，其中有的sample 可以产生 pdb 文件。 然后通过 vmd 完美的渲染出来。这里做个小的总结，总结一些有用的东西，关于vmd  支持python 和tcl的拓展。 ug.pdf 即user guide 写的很详细，包括vmd 的使用 和一些具体的tcl 命令。 vmd 还提供一些脚本库，有些脚本如果合适的话，可以直接拿来（拿来主义？）或是修改后直接使用。

• 首先介绍一下vmd：

VMD是一个分子可视化程序，该程序采用3D图形以及内置脚本来对大型生物分子系统进行显示、制成动画以及分析等操作 

VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote computer.

• 下载地址：

(http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD) 官网的下载地址

(http://download.csdn.net/detail/dongjideyu/6539527) vmd 的Linux版本 和 user guide

(http://download.csdn.net/detail/dongjideyu/6539459)  vmd 的windows 版本和 user guide

• vmd 的tcl 脚本库

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/script_library/