Pheatmap做热图数据处理过程

1.原始的FPKM数据a5

选择其中的KO2和NC进行处理

View(a5)
a4=a5[,c(2,3)]
View(a4)
a6=a4

a7=log2(a6+0.0005)

col = colorRampPalette(colors = c("blue","white","red"))(80)
##col = colorRampPalette(c("lightblue","lightyellow","orange","#FF6A6A"),bias=1)(300)
##300表示色阶，从高到低300个色阶，如果设置5个色阶，即可切成5块

View(a7)
colnames(a7)=c("KO","NC")
pheatmap(a7,angle_col = 45,cellheight = 2,cellwidth = 80,color=col, show_rownames = F,fontsize_col=15)

最终得到的结果图

在这里值得注意的是数据的处理过程。

实际应用中，异常值的出现会毁掉一张热图。这通常不是我们想要的。为了更好的可视化效果，需要对数据做些预处理，主要有对数转换，Z-score转换，抹去异常值，