illumina平台的一些扩增子测序项目介绍

最新推荐文章于 2024-08-23 11:08:27 发布

小余吐泡泡

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文章标签：高通量测序

本文链接：https://blog.csdn.net/ncyujijian/article/details/107347227

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本文介绍了illumina平台上的扩增子测序技术，包括16s/18s/ITS等标记基因检测、多重PCR检测外显子/SNP位点、核酸适配体测序以及用于基因编辑效率确定的PCR产物测序。这些技术结合高通量测序，解决了多种实际研究问题，但受限于读长和碱基平衡。通过PCR与高通量测序的结合，提高了研究效率并减少了模板消耗。

摘要由CSDN通过智能技术生成

扩增子测序其实就是PCR产物测序，只是PCR技术变种特别多，所以就统称为扩增子测序吧。另外，通俗的说，高通量测序技术其实就是一次可以测很多不一样DNA序列的技术。当PCR技术和高通量测序技术结合起来，就可以解决很多实际研究中的问题。当然，也不是完全没有限制，主要限制因素是读长和碱基平衡问题。下面我们就来罗列一下各种扩增子测序类型。
1.16s/18s/ITS等标记基因可变区检测
其实验原理图如下：
在这里插入图片描述

实验过程主要是2步PCR，第一步，特异性引物和部分接头引物合并后扩增，得到一个目标基因的混合产物。原因是模板分子有很多种，所以产物也很多种。这样以第一次扩增产物为模板，进行第二次扩增，获得完整的测序接头，再往后就是纯化一下即可测序了。同理，其实只要是兼并碱基引物能扩增出来的产物是一个混合物，就适用于高通量测序技术。
2.多重PCR检测外显子/SNP位点
在这里插入图片描述
其实这个扩增只是第一个介绍的延伸。既然兼并碱基引物可以扩增同一个基因的不同模板分子，那么不同的引物是不是也可以扩增不同的模板分子片段呢？答案自然是肯定的。在实际运用中，我们很多模板分子非常珍贵，例如它是濒危物种DNA，不允许多采集样品，又或者它是FFPE样品，不可重复获得。但是，我们又希望同时研究这个样品的很多不同位置的DNA序列，显然它经不起一次一个产物的