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https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkwNjQyNTUwMw==&mid=2247485337&idx=1&sn=0a6bf5a9d0dc59f2747085b12e7dcada&chksm=c0e9e269f79e6b7fdf0c11d9a5a7e4941b23b126508910f0e789e231ef0949a04ff486e51099&token=15353637&lang=zh_CN#rd上周末发表了一篇Cell杂志上关于互作蛋白预测筛选的推文，很多小伙伴给我留言说非常感兴趣，但是数据库库容量有限导致很多基因查找不到，这毕竟是一篇2020年发表的论文，数据可能有些落后于时代，粉丝朋友希望我多推荐几个预测查找互作蛋白的网站，完成一些重要功能的通路验证工作。
Cell查找互作蛋白的推文：Cell文章教你怎么找互作蛋白。
那我今天把目前我最新查找得到的一些比较好用的互作蛋白预测网站做一个汇总，无私贡献给正在为基因功能发愁的小伙伴。
01 plant.MAP
其网站的网址：http://plants.proteincomplexes.org/，包含拟南芥、水稻、玉米等常见的模式植物的蛋白质数据。
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查找蛋白互作也非常简单，但是据很多同学反映，数据拟南芥的是最齐全，其他物种数据不是非常齐全，大家可以参考学习一下。
操作步骤也非常简单，大家按要求输入ID名字就可以得到具体结果。
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02 BioGRID
其网站的网址：https://thebiogrid.org/。 BioGRID是一个生物医学交互存储库，其数据通过综合管理工作汇编而成。我们目前的索引版本是4.4.224，从主要模式生物物种中检索了82750篇论文，包括2636,898种蛋白质和遗传相互作用，30,725种化学相互作用和1,128,339种翻译后修饰。所有数据都通过我们的搜索索引免费提供，并可以多种标准格式下载。
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以水稻中研究比较热门的DELL基因（Os03g0707600）为例子进行分析。
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一共找到三个互作基因，点开右边的View还能看到验证的具体方法和具体的文献，非常nice。
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03 STRING
其网站的地址如下：https://cn.string-db.org/，网站非常经典功能非常强大，相信不少小伙伴都知道。
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以水稻的DELL蛋白序列为例：
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得到了其互作的蛋白网络如下：
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kmeans clustering聚类如图：
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MCL clustering聚类如下：
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都能导出矢量图编辑，个人感觉还是非常方便：
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