BioGRID:蛋白质相互作用数据库

最新推荐文章于 2024-07-17 11:37:19 发布
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BioGRID是一个提供大量蛋白质相互作用数据的数据库，包括1,607,037个相互作用和转录后修饰信息。用户可以通过基因或蛋白标识符进行检索，并在详细结果页面查看统计信息和相互作用网络。数据可免费下载，支持多种格式。" 133155311,19694662,数据库范式详解：规范化技术与应用,"['数据库设计', 'SQL', '数据库理论', '数据完整性', '数据库性能']
摘要由CSDN通过智能技术生成

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BioGRID数据库是一个老牌经典的蛋白质相互作用数据库，在今年9月份刚刚分布了最新版本3.5.165，该版本从66,164篇文献中整理出了1,607,037个蛋白质相互作用，28,093个嵌合体信息以及726,378个转录后修饰PTM信息，涵盖了多个物种，官网地址如下

https://thebiogrid.org/

在这里插入图片描述
通过官网的检索功能，可以根据基因或者蛋白标识符进行检索，示意如下
在这里插入图片描述
在检索页面主要分成以下3大部分

1. 基本描述信息

示意结果如下，包含了蛋白质的名称，别名，转录后修饰，即UBI对应的行，GO注释信息，和其他数据库的链接。
在这里插入图片描述

2. 统计信息

示意如下，统计每种相互作用类型的数目和比例

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MINT:蛋白质相互作用数据库简介
庐州月光的博客
11-06 5215
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! MINT, 全称molecular interaction Database, 是一个蛋白质相互作用的数据库，该数据库中的蛋白相互作用都是由专家审核过的有实验证据支持的，目前该数据库涵盖了607个物种，共117001个蛋白相互作用关系。网址如下 https://mint.bio.uniroma2.it/ 目前该数据库中的数据已经集成到intact这个数据库...
（转）protein 数据库
weixin_30486037的博客
12-23 976
最早关注蛋白质互作网络，是在来GDMC第一年的时候，中间停了半年看互作-各种算法，网络分析停滞不前，没想到搞到最后，还是和网络碰到了一起，我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object，包括人。用PPI来做证据，当然要选择证据性最强的网站，先列表如下：1. DIP (database of interacting proteins)http://dip.doe-mbi.ucla.edu...
干货 | 如何证明蛋白与蛋白之间存在相互作用？
最新发布
Igenebook的博客
07-17 889
为了提高Pull-down技术的效能，我们可以将要纯化的蛋白以融合蛋白的形式进行表达，即将“诱饵”蛋白和一种易于纯化的配体蛋白结合。抗体与细胞裂解液或表达上清中相应的蛋白结合后，再与蛋白A/G（Protein A/G）偶联的 agarose 或Sepharose珠子孵育，通过离心得到珠子-蛋白A/G-抗体-目的蛋白复合物，在高温及还原剂的作用下，抗原与抗体解离，收集上清，上清中包括抗体、目的蛋白和少量的杂蛋白，再通过Western blot 或质谱等方法进一步对复合物中的靶蛋白进行分析。
[转载]蛋白质相互作用数据库
amw5181360的博客
01-10 1455
去，来，最终还是到蛋白质！ PPI：protein-proteininteraction 1.DIP(databaseofinteractingproteins) http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi在页面点击 Searchby:[protein][sequence][m...
BioGRID 互作数据库
weixin_30216561的博客
06-12 1526
01 — BioGRID BioGRID 是 Biological General Repository for Interactionh Datasets 的缩写（网址为https://thebiogrid.org），是一个公开的数据库，主要记录、整理包括蛋白、遗传和化学互作的数据，涵盖人类和所有主要的模式生物。BioGRID 网站的主页如下，使用起来也比较简单，只需要输入一个基因...
HVIDB！人类病毒蛋白互作数据库介绍
SHANGHAILINGEN的博客
09-27 633
快速查询病毒与人类蛋白之间的互作以及新的互作关系预测
生物医学文献中的一种蛋白质-蛋白质相互作用的三重杂交提取方法
03-08
### 生物医学文献中的一种蛋白质-蛋白质相互作用的三重杂交提取方法 #### 引言 蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-Protein Interactions, PPIs）的研究对于构建蛋白质交互网络以及理解生物过程中的分子机制至关重要...
蛋白质功能~结构~相互作用预测网站工具合集.doc
10-07
有一些在线工具和数据库，如STRING、BioGRID和IntAct，可用来预测和验证蛋白质-蛋白质相互作用，这些资源对于研究高尔基体等亚细胞器的功能和在疾病中的作用尤其有价值。 【高尔基体蛋白质组学】 高尔基体在蛋白质...
蛋白质-蛋白质相互作用网络分析
06-17
蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）网络分析是生物信息学领域的一个关键研究方向。它涉及到生物体内的复杂系统，其中蛋白质作为执行生命过程的基本分子单元，通过相互作用形成网络。这个...
BioGRID-开源
05-27
相互作用数据集的生物通用信息库（BioGRID）是蛋白质-蛋白质相互作用的精选生物学数据库。 它努力为所有主要物种提供全面的蛋白质-蛋白质相互作用资源。
biovec:ProtVec可用于蛋白质相互作用预测，结构预测和蛋白质数据可视化
05-02
2017年 蛋白质分类超过蛋白质ngrams矢量表示的总和 通常，生物信息由字符数组表示，但建议通过将其表示为矢量，可以更轻松地存储信息以进行分析。 作为特定的应用范围， 家庭分类 蛋白质可视化 结构预测 蛋白质无序鉴定 蛋白质相互作用预测。 这样的分类和预测很容易理解用法，但是我个人认为蛋白质可视化将是最有用的。 除非序列短或结构已知，否则似乎目前不掌握蛋白质整体的方法通常不受欢迎，因此我认为这种表达方法具有一定的实用性。 尽管乍一看这个想法似乎很奇怪，但是在某种程度上，它是自然语言中公认的。 见另一种实现方式 ， 论文： : 如果没有数据库，可以从下面的链接下载。 Uniprot（瑞士保护） 厌恶 如果您不在Mac OS上运行，请尝试此操作 如何安装和使用 安装python软件包。 点安装-r requirements.txt cf）如果您使用macos并遇到与m
biograph:BioGraph基因组学分析平台
07-23
传记 这是 BioGraph 基因组分析平台的代码库。 它可免费用于学术用途。 有关详细信息，请参阅许可证文件。 快速开始 从下载预先构建的二进制文件。 发行版是静态构建的，应该在最新的 Linux 发行版上运行。 除了发布之外，您还需要一个分类器模型的副本： $ wget https://spiral-public.s3.us-west-2.amazonaws.com/models/biograph_model-7.0.0.ml 要么 $ aws s3 cp s3://spiral-public/models/biograph_model-7.0.0.ml . --no-sign-request 您还需要一些常见的生物信息学软件包。 要在 Ubuntu 上安装它们： $ sudo apt install -y vcftools tabix bcftools BioGraph
BioGRID-PPI：生物二进制PPI数据集和BioGRID的处理
02-23
PPIP蛋白-蛋白质相互作用预测
分享一个蛋白互作网站——String （一）
weixin_46500027的博客
04-03 7465
筛选的差异基因或者想要研究的基因和哪些蛋白有相互作用呢？可以用到很多网站来进行预测，下面我们先讲最火的一个——String database.
分享几个蛋白质互作网站——String （二）多基因蛋白互作
weixin_46500027的博客
04-04 9439
今天讲多基因蛋白互作。然后分享几个别的蛋白互作网站。
STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介
热门推荐
庐州月光的博客
11-06 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个...
Arxiv | 预测新型蛋白质间相互作用的图神经网络模型
DrugAI
07-30 3146
今天带来的是商汤科技（SenseTime）研究小组发表在arxiv上的Learning Unknown from Correlations: Graph Neural Network for Inter-novel-protein Interaction Prediction。现有蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）预测方法在未知数据集（指的是经常出现在训练集中未看到相互作用的蛋白质的数据集）上进行测试时会出现显着的性能下降。本文从两方面新型蛋...
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