Ubuntu安装并行Lammps

安装所需包

sudo su							#开启管理员模式，输入密码后继续

apt-get install gcc				#安装gcc

apt-get install g++				#安装g++

apt-get install gfortran		#安装gfortran

apt-get install make			#安装make

下载所需文件

在home目录下打开终端：

#新建lammps文件夹
mkdir lammps		

#进入lammps
cd lammps			

#下载fftw-3.3.8.tar.gz
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz	

#下载mpich-3.3.2.tar.gz
wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich-3.3.2.tar.gz

#下载lammps-stable.tar.gz
wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz 

解压

#解压后为fftw-3.3.8
tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz 

#解压后为mpich-3.3.2
tar -xvf mpich-3.3.2.tar.gz 

#解压后为lammps-3Mar20
tar -xvf lammps-stable.tar.gz 

安装fftw

进入/lammps-3Mar20/src/MAKE/OPTIONS路径下，从Makefile.fftw文件可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，为了后续编译lammps方便，将fftw安装到此路径下。

cd lammps/src/MAKE/OPTIONS
vim Makefile.fftw

cd fftw-3.3.8

sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float 

./configure --prefix=/usr的解释
Linux ./configure --prefix命令

sudo make -j 		#-j意为调用编译无核数限制

sudo make install  #凡事sudo就完事儿了，我之前没sudo出过问题

cd					#返回根目录

安装MPICH

进入\lammps-3Mar20\src\MAKE\OPTIONS路径，打开Makefile.g++_mpich_link文件，通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

cd lammps/mpich-3.3.2

sudo ./configure --prefix=/usr/local

sudo make -j

sudo make install

cd ..			#返回上级目录

安装lammps

cd lammps/lammps-3Mar20/src

sudo make mpi -j

成功的话会生成lmp_mpi的文件

注意：lammps默认安装3个依赖包，MANYBODY，KSPACE，MOLECULE。如果还有其它依赖包需要，只需要在/lammps-3Mar20/src 文件夹下分别输入指令：

1.	make package-status（查看依赖包状态）
2.	make yes-***（安装***依赖包）
3.	make no-***（删除***依赖包）
4.	make mpi -j

重新生成可执行文件lmp_mpi就可
注意：不要make yes-all，会卡住。。。根据自己需求的package安装即可，初次安装我就加了MANYBODY, KSPACE, MOLECULE这三个包:

make yes-MANYBODY
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
sudo make mpi -j

测试

#返回根目录
cd

#进入shear文件夹
cd lammps/lammps-3Mar20/examples/shear
#
vi in.shear

取消注释：#dump 1 all atom 100 dump.shear，保存退出后运行测试

/usr/local/bin/mpirun -np 6 /home/yuabaoqiang/lammps/lammps-3Mar20/src/lmp_mpi < in.shear

• mpirun在/usr/local/bin下
• 6是我的核数
• lmp_mpi在/home/yuabaoqiang/lammps/lammps-3Mar20/src下
• in.shear为我的in文件

运行界面：

dump文件：

为了简化运行命令，可以将运行文件所在的文件夹写入PATH路径
桌面打开终端：

vi .bashrc

直接在最下面添加文本：
注意文件路径书写根据自己实际情况来。

export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/yuanbaoqiang/lammps/lammps-3Mar20/src:$PATH

#使环境生效
source .bashrc

再次测试

cd lammps/lammps-3Mar20/examples/shear

mpirun -np 6 lmp_mpi < in.shear

然后完美运行～

参考：

网上帖子有很多，但其实都差不多，大家可以参考多个版本，最后选择适合自己的。

ubuntu下lammps的安装

lammps-mpi并行安装

2018版lammps安装教程（小白专用）