本文介绍了如何使用CITUP和Timescape工具分析肿瘤进化并绘制鱼图。首先，详细阐述了CITUP的安装和使用，包括处理突变频率和cluster文件的要求。接着，通过Python脚本处理CITUP的输出结果，得到克隆频率和克隆分支关系。然后，重点讲解了将这些结果转换为Timescape输入格式的方法，并展示了R代码片段。虽然最终的可视化效果可能不理想，但该过程提供了学习和理解工具使用的宝贵经验。
#16 利用 Citup+Timescape 做肿瘤进化鱼图
写在前面
前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构，接下来我们进一步分析肿瘤进化，画一个鱼图，需要用到的工具是 citup 和 Timescape
参考：
- https://github.com/sfu-compbio/citup
- https://shahlab.ca/projects/citup/
- https://www.cnblogs.com/xlij1205/p/10848917.html
- https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/timescape/inst/doc/timescape_vignette.html
citup 软件的安装和使用
CITUP 全称 Conality Inference in Tumors Using Phylogeny，是一种使用系统发育论进行肿瘤的克隆推断生物信息学工具，可用于从单个患者获得的多个样本来推断肿瘤异质性。
给定每个样本的突变频率，CITUP 使用基于优化的算法来找到最能解释数据的进化树。但是，前提条件是，CITUP 也是针对于深度测序数据的，这次勉强使用，为的是学习一下这个工具。
方式1：官网推荐我们使用 conda 来安装
# 添加channels
conda config --add channels http://conda.anaconda.org/dr
订阅专栏 解锁全文
1539
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
