12 初探肿瘤异质性
同一个病人的 SNV 分布
数据准备
首先还是同样的读入数据,进行一定的处理。我们同样用 VEP 注释后的 maf 文件,然后取出需要用到的几列
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(dplyr)
library(stringr)
# 读入数据
laml = read.maf('./7.annotation/vep/VEP_merge.maf')
laml@data = laml@data[!grepl('^MT-', laml@data$Hugo_Symbol),]
# 增加一列t_vaf,即肿瘤样本中突变位点的覆盖深度t_alt_count占测序覆盖深度t_depth的比值
laml@data$t_vaf = (laml@data$t_alt_count/laml@data$t_depth)
unique(laml@data$Tumor_Sample_Barcode)
getSampleSummary(laml)
getGeneSummary(laml)
getFields(laml)
mut = laml@data[laml@data$t_alt_count >= 5 &
laml@data$t_vaf >= 0.05, c("Hugo_Symbol",
"Chromosome",
"Start_Position",