蛋白质结构中原子的占有率occupancy介绍

蛋白质结构中原子的 占有率（Occupancy） 介绍

Occupancy（占有率） 是蛋白质结构文件（如 PDB 或 CIF 文件）中的一个重要参数，表示在晶体结构中，特定原子在其位置上出现的比例。数值范围在 0 到 1 之间：

• 1.0 表示该原子在所有单位晶胞中都占据相同的位置（完全占有）。
• 0.0 到 1.0 之间的值表示该原子在该位置的部分占有，说明该原子可能在不同晶胞中占据不同的位置。
• 小于 1.0 的占有率通常表示原子在该位置上存在位移或不确定性，可能与动态性、多种构象（conformation）、或者局部无序性（disorder）有关。

占有率在蛋白质结构中的意义

1. 多构象状态（Alternate Conformations）： 在晶体结构解析中，有时会发现同一个氨基酸或原子在空间中占据多个可能的位置（构象）。这些构象通过不同的占有率来表示。例如，如果一个氨基酸有两个不同的构象 A 和 B，可能 A 的占有率是 0.7，B 的占有率是 0.3，表示 70% 的时间原子处于构象 A，30% 的时间处于构象 B。

2. 动态或无序区域： 对于蛋白质的某些动态区域，原子的占有率可能低于 1.0，表示该区域并没有固定在一个位置上，存在不同的构象自由度。这种情况多见于蛋白质的柔性链或无序区域。