py-mmcif提取结构解析的方法、提交日期以及pdb ID等

要使用 py-mmcif 提取蛋白质结构的解析方法、发布日期、PDB ID 等信息,通常可以从 entry 或 struct 相关的 CIF 文件数据块中获取。这些字段在 mmCIF 文件中存储元数据信息,例如解析方法、日期和 PDB ID。

下面是一个示例代码,展示如何通过 py-mmcif 包来提取这些信息。

示例代码:

from mmcif.io.PdbxReader import PdbxReader
import gzip
 
# mmCIF 文件路径
cif_file_path = '/path/to/your/file.cif.gz'
 
data = []
# 打开并读取 gzipped mmCIF 文件
with gzip.open(cif_file_path, 'rt') as cif:
    reader = PdbxReader(cif)
    reader.read(data)
 
# 提取第一个数据块
data = data[0]

# 提取 PDB ID
pdb_id = data.getObj('entry').getValue('id', 0)
print(f"PDB ID: {pdb_id}")

# 提取解析方法
if data.getObj('exptl') is not None:
    method = data.getObj('exptl').getValue('method', 0)
    print(f"Experimental method: {method}")

# 提取结构的最初提交日期
if data.getObj('pdbx_database_status') is not None:
    d
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