Correcting topological defects纠正拓扑缺陷
运行recon-all的自动拓扑修复程序失败时,会导致白质(WM)表面(黄线)排除一些白质体素。 此时,需要对wm.mgz进行编辑。
Editing the Volume
topo_defect_before是一个拓扑缺陷的例子:
freeview -v topo_defect_before/mri/brainmask.mgz \
topo_defect_before/mri/wm.mgz:colormap=heat:opacity=0.4:visible=0 \
-f topo_defect_before/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_before/surf/lh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_before/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_before/surf/rh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_before/surf/lh.smoothwm.nofix:visible=0
使用PageUp和PageDown键滚动浏览volumes(或向上和向下箭头)来查找白质表面中的错误。 此例中coronal冠状切片57,左半球靠近中线的位置,一些白质体素的分割不正确。 这种类型的拓扑缺陷称为“孔”,与需要切割的handle(手柄)相反,该孔需要填充。勾选wm卷,使wm.mgz高亮显示。
smoothwm.nofix曲面与orig.nofix曲面相同,只是进行了平滑处理,使其不会遵循体素边界。这两个曲面被认为是最终白色表面的“粗糙草图”,要经过自动拓扑修复程序等进一步的处理才能得到白质表面,因此在3D视图中无法看到wm曲面的缺陷。
切换到3D视图、勾选lh.smoothwm.nofix,取消选中其他所有表面以防止重叠。
去掉2D切片框:Ctrl-Shft-S 或者 View-Show Slices (3D View)
启用网格渲染:选中需要被渲染网格的surface:Render-Surface & mesh
在冠状视图中,逐片滚动会发现部分白质体素会断开几片后再连接。但由于断开的区域太薄,无法添加控制点来扩展WM表面,需要手动添加白质体素。首先滚动浏览brainmask.mgz体积中的切片,记录白色表面缺陷开始和结束的位置,此例中为冠状切片53到60。
编辑操作:
1. 突出显示wm.mgz并使之位于brainmask.mgz上方
2. 点击Recon Edit按钮,鼠标左键添加体素,shift+左键删除体素
3. File-Save Volume或者点击保存按钮来保存
4. 查看topo_defect_after的wm.mgz来检查操作的结果
freeview -v topo_defect_after/mri/brainmask.mgz \
topo_defect_after/mri/wm.mgz:colormap=heat:opacity=0.4:visible=0 \
-f topo_defect_after/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_after/surf/lh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_after/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_after/surf/rh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_after/surf/lh.smoothwm.nofix:visible=0
Regenerating the Surface
对wm.mgz编辑完成后,运行以下命令来重新生成表面:
recon-all -autorecon2-wm -autorecon3 -subjid topo_defect_before