Freesurfer学习笔记——Correcting topological defects (white surface error)3.3

Correcting topological defects纠正拓扑缺陷

运行recon-all的自动拓扑修复程序失败时，会导致白质（WM）表面（黄线）排除一些白质体素。 此时，需要对wm.mgz进行编辑。

Editing the Volume

topo_defect_before是一个拓扑缺陷的例子：

freeview -v topo_defect_before/mri/brainmask.mgz \
topo_defect_before/mri/wm.mgz:colormap=heat:opacity=0.4:visible=0 \
-f topo_defect_before/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_before/surf/lh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_before/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_before/surf/rh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_before/surf/lh.smoothwm.nofix:visible=0

使用PageUp和PageDown键滚动浏览volumes（或向上和向下箭头）来查找白质表面中的错误。 此例中coronal冠状切片57，左半球靠近中线的位置，一些白质体素的分割不正确。 这种类型的拓扑缺陷称为“孔”，与需要切割的handle（手柄）相反，该孔需要填充。勾选wm卷，使wm.mgz高亮显示。 

smoothwm.nofix曲面与orig.nofix曲面相同，只是进行了平滑处理，使其不会遵循体素边界。这两个曲面被认为是最终白色表面的“粗糙草图”，要经过自动拓扑修复程序等进一步的处理才能得到白质表面，因此在3D视图中无法看到wm曲面的缺陷。

切换到3D视图、勾选lh.smoothwm.nofix，取消选中其他所有表面以防止重叠。

去掉2D切片框：Ctrl-Shft-S 或者 View-Show Slices (3D View)

启用网格渲染：选中需要被渲染网格的surface：Render-Surface & mesh       

在冠状视图中，逐片滚动会发现部分白质体素会断开几片后再连接。但由于断开的区域太薄，无法添加控制点来扩展WM表面，需要手动添加白质体素。首先滚动浏览brainmask.mgz体积中的切片，记录白色表面缺陷开始和结束的位置，此例中为冠状切片53到60。

编辑操作：

1. 突出显示wm.mgz并使之位于brainmask.mgz上方

2. 点击Recon Edit按钮，鼠标左键添加体素，shift+左键删除体素

3. File-Save Volume或者点击保存按钮来保存

4. 查看topo_defect_after的wm.mgz来检查操作的结果

freeview -v topo_defect_after/mri/brainmask.mgz \
topo_defect_after/mri/wm.mgz:colormap=heat:opacity=0.4:visible=0 \
-f topo_defect_after/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_after/surf/lh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_after/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
topo_defect_after/surf/rh.pial:edgecolor=red \
topo_defect_after/surf/lh.smoothwm.nofix:visible=0

 

Regenerating the Surface

对wm.mgz编辑完成后，运行以下命令来重新生成表面：

recon-all -autorecon2-wm -autorecon3 -subjid topo_defect_before