生物分子互作基础
1.生物分子互作用研究方法
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子对接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库
- PDB 数据库介绍
1.1 PDB蛋白数据库功能
1.2 PDB蛋白数据可获取资源
1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性
2.PDB 数据库的使用
2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载
2.2 靶点蛋白结构序列下载
2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径
2.4 批量下载蛋白晶体结构
蛋白结构分析 - Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍(如氢键等)
2.Pymol 软件使用
2.1蛋白小分子相互作用图解
2.2 蛋白蛋白相互作用图解
2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
2.4蛋白及小分子结构叠加及比对
2.5绘相互作用力
2.6 Pymol动画制作
3.实例讲解与练习:
(1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图
(2)制作结合口袋表面图
(3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合
(4)制作蛋白相互作用动画
(5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用图
同源建模- 同源建模原理介绍
1.1 同源建模的功能及使用场景
1.2 同源建模的方法
- 同源建模原理介绍
- Swiss-Model 同源建模;
2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法)