分子对接用于虚拟筛选(Autodock或薛定谔)

生物分子互作基础
1.生物分子互作用研究方法
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子对接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库

  1. PDB 数据库介绍
    1.1 PDB蛋白数据库功能
    1.2 PDB蛋白数据可获取资源
    1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性
    2.PDB 数据库的使用
    2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载
    2.2 靶点蛋白结构序列下载
    2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径
    2.4 批量下载蛋白晶体结构
    蛋白结构分析
  2. Pymol 软件介绍
    1.1 软件安装及初始设置
    1.2 基本知识介绍(如氢键等)
    2.Pymol 软件使用
    2.1蛋白小分子相互作用图解
    2.2 蛋白蛋白相互作用图解
    2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
    2.4蛋白及小分子结构叠加及比对
    2.5绘相互作用力
    2.6 Pymol动画制作
    3.实例讲解与练习:
    (1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图
    (2)制作结合口袋表面图
    (3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合
    (4)制作蛋白相互作用动画
    (5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用图
    同源建模
    1. 同源建模原理介绍
      1.1 同源建模的功能及使用场景
      1.2 同源建模的方法
  3. Swiss-Model 同源建模;
    2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法)
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Autodock分子对接是一种计算方法,用于预测药物与蛋白质结合的方式和强度。在药物研发过程中,了解药物与靶点蛋白的结合方式对于药物设计和优化至关重要。 在Autodock分子对接中,首先需要准备药物和蛋白质的结构信息。药物的结构可以通过化学合成或者从数据库中获取到,而蛋白质结构可以通过实验技术例如X射线晶体学或者核磁共振得到。然后,通过计算方法将药物和蛋白质的结构信息转化为数学模型,在计算机中进行模拟。 在分子对接的计算过程中,药物和蛋白质的结构信息被转化为分子力场和描述分子间相互作用的能量函数。分子力场模型可以评估药物与蛋白质之间的相互作用力,而能量函数则可以评估药物在不同的结合位点上的结合能力。通过优化药物分子在蛋白质表面的位置和方向,可以预测药物分子与蛋白质的最佳结合位点和结合模式。 Autodock分子对接方法具有高通量和快速计算的优势,可以在大规模药物筛选中应用。然而,值得注意的是,Autodock分子对接的结果是理论预测,并不代表真实结合情况,因此还需要通过实验验证来进一步确认。 总之,Autodock分子对接是一种用于预测药物与蛋白质结合模式和强度的计算方法。它在药物研发中起到了重要的作用,可以用于筛选和设计合适的药物分子,为新药的发现提供有力的支持。

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