stLFR(single tube Long Fragment Read)介绍

参考了BGI相关介绍资料。

stLFR(single tube Long Fragment Read): 单管长片段序列,是由华大制造自主研发的基于DNBSEQ平台的,一种长片段读取技术,可实现读取序列的长度高达10k~300k。
发展历史:

时间代表论文
2012Peters, B., Kermani, B., Sparks, A. et al. Accurate whole-genome sequencing and haplotyping from 10 to 20 human cells. Nature 487, 190–195 (2012). https://doi.org/10.1038/nature11236
2019Single Tube Long Fragment Reads (st LFR)介绍: https://decodescience.com.au/single-tube-long-fragment-reads-st-lfr/#tab-id-1
论文:Wang O, Chin R, Cheng X, et al. Efficient and unique cobarcoding of second-generation sequencing reads from long DNA molecules enabling cost-effective and accurate sequencing, haplotyping, and de novo assembly[J]. Genome research, 2019, 29(5): 798-808. https://genome.cshlp.org/content/early/2019/04/23/gr.245126.118

基于二代测序的长读长测序都有四个步骤:获得长片段DNA–>DNA分子物理/虚拟分割–>DNA加唯一标签建库–>混合测序。

技术分隔方式特点
LFR(Long Fragment Reads)物理分割,操作复杂(1)受限于微量自动化移液设备,相对难于部属在小型实验室。
(2)需要MDA酶进行扩增,扩增畸偏。
ILMN(illumina的技术)物理分隔,操作复杂初始DNA长度过短(10K), 需要统计方法辅助。
10X物理分隔设备需要额外的微流控设备,且样本制备成本高。
MGI stLFR无需物理分割,操作简单无需MDA扩增,降低畸偏;无需微流控,成本低;36亿多barcode,减少reads之间的交叉污染。

MGI stLFR技术的介绍:https://www.mgi-tech.com/resource/webinars_info/15/

  • clonal barcoded beads: 克隆编码珠子

不同长读段组装技术在植物基因组上的表现:

Murigneux V, Rai S K, Furtado A, et al. Comparison of long-read methods for sequencing and assembly of a plant genome[J]. GigaScience, 2020, 9(12): giaa146. https://academic.oup.com/gigascience/article/9/12/giaa146/6042729

应用案例

  • 草地贪夜蛾
  • 鱼类基因组组装
  • 单菌组装
  • 辅助生殖新发突变检测
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