stLFR(single tube Long Fragment Read)介绍

参考了BGI相关介绍资料。

stLFR(single tube Long Fragment Read): 单管长片段序列，是由华大制造自主研发的基于DNBSEQ平台的，一种长片段读取技术，可实现读取序列的长度高达10k~300k。
发展历史：

时间	代表论文
2012	Peters, B., Kermani, B., Sparks, A. et al. Accurate whole-genome sequencing and haplotyping from 10 to 20 human cells. Nature 487, 190–195 (2012). https://doi.org/10.1038/nature11236
2019	Single Tube Long Fragment Reads (st LFR)介绍： https://decodescience.com.au/single-tube-long-fragment-reads-st-lfr/#tab-id-1 论文：Wang O, Chin R, Cheng X, et al. Efficient and unique cobarcoding of second-generation sequencing reads from long DNA molecules enabling cost-effective and accurate sequencing, haplotyping, and de novo assembly[J]. Genome research, 2019, 29(5): 798-808. https://genome.cshlp.org/content/early/2019/04/23/gr.245126.118

基于二代测序的长读长测序都有四个步骤：获得长片段DNA–>DNA分子物理/虚拟分割–>DNA加唯一标签建库–>混合测序。

技术	分隔方式	特点
LFR（Long Fragment Reads)	物理分割，操作复杂	（1）受限于微量自动化移液设备，相对难于部属在小型实验室。 (2)需要MDA酶进行扩增，扩增畸偏。
ILMN(illumina的技术）	物理分隔，操作复杂	初始DNA长度过短（10K), 需要统计方法辅助。
10X	物理分隔	设备需要额外的微流控设备，且样本制备成本高。
MGI stLFR	无需物理分割，操作简单	无需MDA扩增，降低畸偏；无需微流控，成本低；36亿多barcode,减少reads之间的交叉污染。

MGI stLFR技术的介绍：https://www.mgi-tech.com/resource/webinars_info/15/

• clonal barcoded beads: 克隆编码珠子

不同长读段组装技术在植物基因组上的表现：

Murigneux V, Rai S K, Furtado A, et al. Comparison of long-read methods for sequencing and assembly of a plant genome[J]. GigaScience, 2020, 9(12): giaa146. https://academic.oup.com/gigascience/article/9/12/giaa146/6042729

应用案例：

• 草地贪夜蛾
• 鱼类基因组组装
• 单菌组装
• 辅助生殖新发突变检测