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绿原酸酯与CALB Docking
结构准备
酶
从RCSB PDB数据库搜索 Candida antarctica Lipase B, 下载 1LBS.pdb文件。
该结构是一个晶体结构,由6个相同的链组成。并且有一个HEE分子共价结合在Ser105上。
化学分子
在PubChem上下载绿原酸酯(Chlorogenic acid)的sdf结构文件。
结构预处理
(这里只是一种方式,还有更好更方便的方式。)
酶
- 仅保留A链
在VMD中打开1lbs.pdb文件,在representation中新建Selection = chain A的Rep,File -> Save Coordinates… 中保存为1lbs_A.pdb - 删除HEE分子和水分子
在VS Code中打开1lbs_a.pdb,删除文件末的residue = HEE, HOH的部分。保存。
化学分子
- 构造丁酯结构
在GaussView中打开chlorogenic_acid.sdf文件,在奎宁酸的羧基末端构造C4链,将结构保存为ligand.pdb。
Docking
打开AutoDockTools,按照教程 2012_ADTtut 进行操作。
1. 载入蛋白
(打开Lines和Ribbons显示模式,更加直观) - 加氢
2. 载入配体
查看Torsions…
Number of rotatable bonds = 14/32
3. 准备大分子
4. 设置网格
活性位点为Ser105,我们选中该残基。然后打开Grid Box。设置为(60,60,60),(55,4,30) 【不一定为最优】 对接区域如下图所示:
5. 准备AutoGrid Parameter File
默认设置
6. 进行AutoGrid 4
autogrid4.exe -p 1lbs.gpf -l 1lbs.glg
文件夹中多出来1mol文件:
7. 准备 AutoDock4 Parameter File
默认设置
(第二次运行时要记录随机数种子【】)
8. 进行docking
autodock4.exe -p 1lbs.dpf -l 1lbs.dlg
该体系用时
Real= 7m 00.54s, CPU= 6m 59.92s, System= 0.22s
9. 查看结果,保存构象(exercise 11)
两个接近于反应构象的构象(通过酯键C原子到Ser-O原子的距离来判定):
构象4 (-4.42)
构象8(-4.07)
感觉只能大概看出来能装下…
10. VMD中分析结构:
【催化三联体】 resid 105 224 187
【氧负离子空洞】 resid 40 41
【非极性氨基酸】 resname VAL ALA LEU ILE
在活性口袋周围围了一圈。
【芳香氨基酸】
在活性位点的斜上方有一个Try104;与LEU278, ILE189可能构成亲酯性底物(烷基链部分)进入的通道
【氢键供体、受体氨基酸】
【碱性氨基酸】 resname LYS ARG HIS 口袋中没有
【OH,SH极性氨基酸】resname SER THR CYS
口袋底物有充足的极性氨基酸来形成氢键。。。
如Thr40, Asp134, Gln157, Ile189等…
【这个静态的图像也不太好判断。。。】
画一个表面图来判断的话,Ser作为分界,左上部分是非极性的,右下部分的底部是极性的。
构想:绿原酸酯的碳链部分从左上部分进攻;奎宁酸糖基部分在底部结合,咖啡酰邻苯二酚部分暴露在溶剂中。
11. 突变建议
从烷基通道来看: LEU278, ILE 189 用较小的非极性氨基酸来替代,如ALA。
从糖基结合来看:糖基与酶结合是哪一面?具有三个羟基的一面还是另一面?从精细的和别构的角度来看,很难明确确认。。。
配体分子的三个羟基形成了连续的氢键。
12. 下一步?
共价结合?