绿原酸酯与CALB Docking(1) - GUI Docking

绿原酸酯与CALB Docking

结构准备

酶

从RCSB PDB数据库搜索 Candida antarctica Lipase B, 下载 1LBS.pdb文件。
该结构是一个晶体结构，由6个相同的链组成。并且有一个HEE分子共价结合在Ser105上。

化学分子

在PubChem上下载绿原酸酯(Chlorogenic acid)的sdf结构文件。

结构预处理

(这里只是一种方式，还有更好更方便的方式。)

酶

1. 仅保留A链
   在VMD中打开1lbs.pdb文件，在representation中新建Selection = chain A的Rep，File -> Save Coordinates… 中保存为1lbs_A.pdb
2. 删除HEE分子和水分子
   在VS Code中打开1lbs_a.pdb，删除文件末的residue = HEE, HOH的部分。保存。

化学分子

1. 构造丁酯结构
   在GaussView中打开chlorogenic_acid.sdf文件，在奎宁酸的羧基末端构造C4链，将结构保存为ligand.pdb。

Docking

打开AutoDockTools，按照教程 2012_ADTtut 进行操作。

1. 载入蛋白

(打开Lines和Ribbons显示模式，更加直观) - 加氢

2. 载入配体

查看Torsions…
Number of rotatable bonds = 14/32

3. 准备大分子

4. 设置网格

活性位点为Ser105，我们选中该残基。然后打开Grid Box。设置为(60,60,60),(55,4,30) 【不一定为最优】 对接区域如下图所示：

5. 准备AutoGrid Parameter File

默认设置

6. 进行AutoGrid 4

autogrid4.exe -p 1lbs.gpf -l 1lbs.glg

文件夹中多出来1mol文件：

7. 准备 AutoDock4 Parameter File

默认设置
(第二次运行时要记录随机数种子【】)

8. 进行docking

autodock4.exe -p 1lbs.dpf -l 1lbs.dlg

该体系用时

Real= 7m 00.54s, CPU= 6m 59.92s, System= 0.22s

9. 查看结果，保存构象(exercise 11)

两个接近于反应构象的构象（通过酯键C原子到Ser-O原子的距离来判定）：
构象4 (-4.42)

构象8(-4.07)

感觉只能大概看出来能装下…

10. VMD中分析结构：

【催化三联体】 resid 105 224 187
【氧负离子空洞】 resid 40 41

【非极性氨基酸】 resname VAL ALA LEU ILE
在活性口袋周围围了一圈。

【芳香氨基酸】
在活性位点的斜上方有一个Try104；与LEU278, ILE189可能构成亲酯性底物(烷基链部分)进入的通道

【氢键供体、受体氨基酸】
【碱性氨基酸】 resname LYS ARG HIS 口袋中没有
【OH,SH极性氨基酸】resname SER THR CYS
口袋底物有充足的极性氨基酸来形成氢键。。。
如Thr40, Asp134, Gln157, Ile189等…
【这个静态的图像也不太好判断。。。】

画一个表面图来判断的话，Ser作为分界，左上部分是非极性的，右下部分的底部是极性的。
构想：绿原酸酯的碳链部分从左上部分进攻；奎宁酸糖基部分在底部结合，咖啡酰邻苯二酚部分暴露在溶剂中。

11. 突变建议

从烷基通道来看： LEU278， ILE 189 用较小的非极性氨基酸来替代，如ALA。
从糖基结合来看：糖基与酶结合是哪一面？具有三个羟基的一面还是另一面？从精细的和别构的角度来看，很难明确确认。。。
配体分子的三个羟基形成了连续的氢键。

12. 下一步？

共价结合？