mtx文件是按照稀疏矩阵格式存储的矩阵数据,可以按照以下步骤读取:
- 安装scanpy包
pip install scanpy
- 文件读取
import scanpy as sc adata = sc.read(filename) data = adata.X
第一行read之后返回的是annData,第二行通过.X操作得到的是矩阵数据
-
转换为稠密矩阵
data = data.todense()
直接得到的矩阵是稀疏形式的,通过todense函数可转换为稠密矩阵
mtx文件是按照稀疏矩阵格式存储的矩阵数据,可以按照以下步骤读取:
pip install scanpy
import scanpy as sc
adata = sc.read(filename)
data = adata.X
第一行read之后返回的是annData,第二行通过.X操作得到的是矩阵数据
转换为稠密矩阵
data = data.todense()
直接得到的矩阵是稀疏形式的,通过todense函数可转换为稠密矩阵