python读取.mtx文件

mtx文件是按照稀疏矩阵格式存储的矩阵数据,可以按照以下步骤读取:

  1. 安装scanpy包
    pip install scanpy

     

  2. 文件读取
    import scanpy as sc
    
    adata = sc.read(filename)
    data = adata.X

    第一行read之后返回的是annData,第二行通过.X操作得到的是矩阵数据

  3. 转换为稠密矩阵

    data = data.todense()

    直接得到的矩阵是稀疏形式的,通过todense函数可转换为稠密矩阵

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