跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例

最新推荐文章于 2024-01-04 01:58:06 发布
最新推荐文章于 2024-01-04 01:58:06 发布
阅读量2k 收藏
点赞数
分类专栏： 绘图 文章标签： 生物信息学
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/122218545
版权

最终可以得到这样的图：

跟风写个标题，原视频在B站，搜标题即可看到（UP主：TOP菌）。如果你对视频中的内容有不清楚/不认同的地方，欢迎在评论区留言讨论。

涉及到的知识点包括且不限于：

  • 小提琴图，添加均值标记，拼图
  • ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换
  • 单细胞分析如何使用特定的基因聚类
  • 使用每个cluster的均值画热图，分组统计
TOP生物信息
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
【代码更新】单细胞分析实录(20): 将多个样本的CNV定位到染色体臂，并画热图
TOP生物信息
10-30 1934
之前写过三篇和CNV相关的帖子，如果你做肿瘤单细胞转录组，大概率看过： 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中，第三篇帖子里面有两个注释代码，可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree_anno.R代码做了更新，简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制，最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需要，可以
【TOP生物信息】CNS图表复现，单细胞marker基因展示的另一种方式——蜂巢图
TOP生物信息
05-21 2249
Sten Linnarsson大神的单细胞绘图堪称极致美学，在这里，小编选择了发表在nature上展示marker基因的绘图进行复现。
单细胞基因可视化之小提琴图
qq_42090739的博客
03-03 1万+
完成单细胞定群后，就可以做很多东西了，首先可视化marker基因，这是很多单细胞文章中不可或缺的一部分，当然，marker基因的可视化可以拓展到对任意自己感兴趣基因的可视化。 小提琴图是其中的一种。Seurat自带函数VlnPlot可以进行基因可视化，其实在前面QC结果的战事中已经使用过一次了。 VlnPlot(scedata, features = c("RAMP2","VWF","PECAM1","LUM"), pt.size = 0, ncol
热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异
qq_42090739的博客
04-12 2848
近日，看到-生信作曲家-发的帖子，展示的内容是单细胞差异基因的图，是利用热图的形式展现的，在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例，差别一目了然，可以同时展示很多的基因。 首先构建作图数据，我们用最“笨”的办法吧，分别找出不同细胞类型下，两组之间（GM， BM）的差异基因，这里设置阈值为0，让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因，分别在各个差异基因文件中提取这些基因的表达数据，我们需要的数据是ptc1和ptc2这两列，分别对应两个分组。最后将所有细胞差异基因中提取
单细胞marker基因平均表达量热图
qq_42090739的博客
12-15 3463
最近有小伙伴问道如下的文献图，简单明了的一种细胞一列进行marker gene表达展示。这个图其实就是展示了平均的细胞表达量而已。此外，顺便复现下基因注释。选择需要的marker gene进行展示，平均表达量使用seurat自带函数AverageExpression进行计算。热图使用Complexheatmap做即可。legend自己修饰一下就可以了。Complexheatmap真的很强大，有很多有用的功能，慢慢的我们探索。
单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图
qq_45478665的博客
07-07 1万+
质控和数据过滤 准备工具：R。 准备数据：上期经过整理的数据geneMatrix。 注意事项：R的安装目录和文件所在位置都不可有英文。 R 语言所需安装的包： #if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) # install.packages("BiocManager") #BiocManager::install("singscore") #BiocManager::install("GSVA") #BiocManager::insta
单细胞marker基因展示之热图
2301_79403025的博客
10-09 695
【代码】单细胞marker基因展示之热图。
单细胞基因可视化之热图的根本改造2
qq_42090739的博客
03-08 4384
我们前面已经说过了单细胞marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰（单细胞基因可视化之热图改造修饰1），仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。那么要对热图进行根本的改造，关键点在于提取表达矩阵，然后对分组进行注释，就可以使用heatmap或者ComplexHeatmap来做图了。 首先计算marker基因，然后选择自己需要展示的基因。 library(Seurat) library(stringr) library(dplyr) all.markers <- Find
跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你
TOP生物信息
01-12 3526
联系转录组特征和表型特征是非常常见的操作，这次的视频，我以文献中一个小图为例，讲解了在均值比较中常见的箱型图、小提琴图，以及几种变形。视频已经上传B站，这是链接：跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你_哔哩哔哩_bilibili 视频中涉及到的知识点包括： 分组箱型图/小提琴图/条形图/误差棒 均值比较，p值计算，在图形中添加p值 小提琴图组合箱型图 小提琴图组合竖直线段 添加阴影效果 相关代码可以在我公粽号后台回复20220112获取 1. 文献原图
pythonmatplotlib绘图小提琴_使用seaborn制图（小提琴图）
weixin_39846664的博客
12-10 201
import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as sns# 设置风格，seaborn有5种基本风格，context表示环境sns.set(style="white", context="notebook")# 处理中文问题sns.set_style('whitegrid', {...
单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）
TOP生物信息
03-02 1万+
在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式，小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况。我的marker基因一共选了12个，下面来画图： Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画， library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx".
单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）
TOP生物信息
01-08 1万+
今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Researc
优雅地展示20w单细胞热图|非Doheatmap 超大数据集 细胞数太多
最新发布
生信小博士的博客
01-04 761
为什么cluster8会缺失？我觉得这是bug，盲猜可能由于markers内的cluster8对应地基因在a里是na。，就有人问为啥他的数据会出错。我们先来看下他的数据。
单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释
热门推荐
qq_45478665的博客
07-14 2万+
系列文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载 单细胞测序流程（二）数据整理 单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图 单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA 单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因 本期主讲内容——单细胞的细胞类型的注释 课前了解：GO：是一个数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO 提供了一系列的语义用于描述基因功能，以及这些.
单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA
qq_45478665的博客
07-08 1万+
PCA PCA:线性降维，主要用于数据少的时候使用。看结果的时候，看打分的绝对值大小，而不是单独的看数据的大小，PCA 是最常用的降维方法，通过某种线性投影，将高维的数据映射到低维的空间中表示，并期望在所投影的维度上数据的方差最大，以此使用较少的数据维度，同时保留住较多的原数据点的特性。 准备 之前所使用的数据 R的IDE 分析目的 为以后的细胞分群做准备，以及t-sne聚类分析。 结果 散点图，横坐标为打分的值，打分的值的绝对值越大，代表相关性越大，每个pc，选取的是前20个基因，根据系数可以绘制后面的
复现《Cell》文章图表：气泡热图展示基因表达+分组添加
qq_42090739的博客
04-19 5700
今天我们来复现一下一篇《cell》文章中的图标，图如下： （Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeutics for Biliary Atresia） 我们重点复现左边部分，右侧的作图在单细胞系列提到过：跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分，这里的复现不仅适用于单细胞，其他的数据也是可以做这样的图的。 这个图的重点在于将每个细胞群的各个样本分开展示基因表达，添加样本分组的注释。第二点在于x轴
02.marker展示_堆叠小提琴图
TOP生物信息
04-27 1719
整理了一些旧代码，颜值还不错。 我的公粽号有获取方式，除了提供代码，还会提供原始count数据，跟着代码一步一步运行，可以熟悉单细胞转录组基本分析的流程。我也会加入一些自己实际分析中的技巧，希望大家能喜欢这个系列。 竖直方向的 水平方向的 这种图我用很多种方法都画过，目前所采用的代码最灵活 ...
单细胞测序数据分析——细胞通讯 CellChat
G2530051386的博客
07-08 1万+
cellchat
seaborn分类数据可视：散点图|箱型图|小提琴图|lv图|柱状图|折线图
weixin_30445169的博客
08-24 1130
一、散点图stripplot( ) 与swarmplot（） 1.分类散点图stripplot( ) 用法stripplot(x=None, y=None, hue=None, data=None, order=None, hue_order=None,jitter=True, dodge=False, orient=None, 　　　　　　 color=None, palet...
matlab如何画小提琴图
05-25
在 Matlab 中，可以使用 `violinplot` 函数来绘制小提琴图。下面是一个简单的例子： ```matlab % 生成数据 data = [randn(100,1); randn(100,1)+3]; % 绘制小提琴图 violinplot(data); ``` 这将生成一个包含两个垂直小提琴的图表，其中每个小提琴表示一个数据集。如果要绘制多个小提琴图，则可以将它们放在同一个图表中，如下所示： ```matlab % 生成数据 data1 = [randn(100,1); randn(100,1)+3]; data2 = [randn(100,1)+1; randn(100,1)+4]; % 绘制小提琴图 figure; violinplot({data1, data2}, 'GroupOrder', {'Data Set 1', 'Data Set 2'}); ``` 在这个例子中，我们使用了一个 cell 数组来指定要绘制的数据集，并使用 `GroupOrder` 参数来指定它们在图表中的顺序。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值